В 1882 г. Н.И. Ильминский представил К.П. Победоносцеву проект нового издания учебного Часослова, язык которого был специально архаизирован, а орфография изменена в соответствии с этимологией. Два издания этой книги появились в Москве в 1883 г., в последующие годы книга неоднократно переиздавалась. В 1885 г. Н.И. Ильминский подготовил проект учебного Октоиха, исправленного в соответствии с аналогичными принципами, книга вышла в свет в том же году в Москве. По примеру предыдущих книг он предлагал исправить учебную Псалтирь, однако этот проект не был реализован. Подготовил и в 1889 г. выпустил в Казани «для общества и школы» издание «Святое Евангелие: Древнеславянский текст», в основу которого был положен текст Остромирова Евангелия, дополненный по Мариинскому и Галичскому Евангелиям и подвергнутый орфографической нормализации. Издание получило благожелательную рецензию Игнатия Викентьевича Ягича, в 1890 г. К.П. Победоносцев распорядился передать в библиотеки всех духовных семинарий по пять экземпляров этой книги. В 1889 г. осуществлённые Н.И. Ильминским учебные издания богослужебных книг вызвали резкую критику Костромского епископа Августина (Гуляницкого), который был сторонником русификации церковнославянского языка. В соответствии со своими представлениями о церковнославянском языке Н.И. Ильминский стремился организовать его преподавание. Он считал, что церковнославянский язык следует учить не при помощи грамматики, как современные языки, а через многократное повторение и выучивание наизусть отдельных слов и текстов. В переписке с К.П. Победоносцевым он активно обсуждал методы начального обучения церковнославянскому языку и проведение реформы начальной школы, закреплённой Правилами о церковноприходских школах 1884 г. В результате реформы церковнославянский язык вошёл в число основных предметов в церковноприходских школах. Н.И. Ильминский критически относился к деятельности Сергея Александровича Рачинского, считая, что намеренно заниженные требования к содержанию образования в церковноприходских школах и курс на привлечение к преподаванию причётников и поверхностно подготовленных учителей вредят делу миссии и народного просвещения. Им были составлены пособия для разных типов школ, он опубликовал их в двух выпусках – для учителей и для учащихся. Пособия для учащихся содержат традиционные разделы (алфавит, титла, молитвы и библейские тексты), в пособиях для учителей описан архаизированный вариант церковнославянского языка. К 1917 г. эти пособия выдержали более 20 изданий.