Основными принципами переводов Н.И. Ильминский считал точность, строгое соответствие греческому оригиналу (поэтому иногда в переводах есть отступления от славянского текста), использование простого, понятного народу языка. В татарских переводах избегал употребления многочисленных заимствований из арабского языка, даже закрепившихся у кряшен, за немногими исключениями: «Алла» (Бог), «дин» (вера), «иман» (молитва). Чтобы не допустить представления православия как «русской веры», старался избегать славянских и русских слов, даже в сложных случаях находя аналоги в тюркских языках. Большое значение придавал организации богослужения, церковного пения на родных языках. В Казанской учительской семинарии церковному пению и музыкальному образованию уделялось особое внимание. Под руководством Н.И. Ильминского началась деятельность Степана Васильевича Смоленского. Н.И. Ильминский постоянно предупреждал о недопустимости активной миссионерской деятельности среди мусульман и выступал против их дискриминации. Призывал снять все ограничения на религиозную деятельность мусульман и при этом требовал прекратить покровительствовать муфтиям и муллам. В 1885 г., после смерти влиятельного муфтия князя Салимгарея Шангареевича Тевкелева, предлагал назначить на это место муллу, плохо владеющего русским языком, который «трусил бы не только губернатора, но и всякого столоначальника». Эта идея не была принята. Тогда Н.И. Ильминский способствовал назначению муфтием Мухамедьяра Мухаметшариповича Султанова, лояльного по отношению к властям, но не обладавшего богословскими знаниями и не пользовавшегося большим авторитетом у мусульман. Перспективы сближения мусульман с русским обществом Н.И. Ильминский видел в распространении среди них среднего и высшего образования на русском языке, предостерегал против пропаганды среди татар пантюркизма и светского турецкого образования, считал, что светские и даже неверующие националисты опаснее, чем традиционные мусульмане. Н.И. Ильминский переписывался с обер-прокурором Синода Константином Петровичем Победоносцевым, по распоряжению которого письма Н.И. Ильминского были опубликованы в 1895 г. Первое письмо датировано 11 февраля 1882 г., но из его содержания следует, что переписка началась раньше; последнее письмо Н.И. Ильминский написал 11 декабря 1891 г., за 16 дней до смерти. Публикация писем, носивших конфиденциальный характер, вызвала недовольство мусульман, сторонники Н.И. Ильминского считали её политической ошибкой обер-прокурора. Письма К.П. Победоносцева к Н.И. Ильминскому не опубликованы и, скорее всего, были изъяты из архива Н.И. Ильминского по указанию обер-прокурора.