Переписка позволяет исследователям утверждать, что Н.И. Ильминский оказывал серьёзное влияние на миссионерскую деятельность Русской церкви. Он доказывал К.П. Победоносцеву необходимость применения родных языков в обучении, организации переводов богослужебных книг и богослужения на этих языках, формирования национальных кадров духовенства и др. Н.И. Ильминский имел влияние на всех министров народного просвещения и обер-прокуроров Синода 1870–1880 гг., был лично знаком со всеми архиереями Казанской и соседних епархий. Его деятельность способствовала формированию кряшен как особой этнической группы, христианизации чувашей, марийцев и удмуртов, предотвращению ассимиляции малых народов. Если в переписке с высокопоставленными лицами Н.И. Ильминский заявлял, что его система приведёт к обрусению «инородцев», то в беседах с единомышленниками давал понять, что развиваться должны все народы, и ни один язык не должен исчезнуть. Его система имела не только сторонников, но и противников. Её критиковали с двух противоположных позиций: с одной стороны, за то, что он разрушает самобытность татарского народа, отрывая крещёных татар от татарской культуры, а с другой – за то, что учит крещёных «инородцев» их собственному языку, вместо того чтобы приобщать их к русской культуре и ассимилировать. Возражения вызывала и идея создания самостоятельного православного варианта татарской письменности. Оппоненты считали, что использование татарского алфавита на кириллической основе делает христианскую татарскую письменность недоступной для татар-мусульман. К тому же привыкшие к русской азбуке крещёные татары были лишены возможности читать многочисленные татарские книги, напечатанные арабским шрифтом, и оказывались хуже образованными, чем татары-мусульмане. Обсуждение идей Н.И. Ильминского состоялось на проходившем в июне 1910 г. в Казани Миссионерском съезде по внешней миссии, который поддержал его систему. Было отмечено, что преподавание в «инородческих» школах должно вестись на родном языке учащихся. При этом участники дискуссии подчёркивали, что конечной задачей системы является всё-таки русификация, а не создание новой национальной традиции православия. Воспитанниками Н.И. Ильминского были многие известные миссионеры и деятели народного образования: Николай Алексеевич Бобровников (приёмный сын Н.И. Ильминского), Николай Петрович Остроумов, Алексей Андреевич Воскресенский, протоиерей Евфимий Александрович Малов, Авксентий Филиппович Юртов, протоиерей Тимофей Егорович Егоров. Учениками Н.И. Ильминского называли себя Симбирские епископы Варсонофий (Охотин) и Гурий (Буртасовский), окончившие Казанскую духовную академию, Казанский архиепископ Никанор (Каменский), служивший законоучителем в Казанской учительской семинарии.