В приписке к Евангелию, написанному в конце ХV в. на Валааме (Евангелие Закхея, или Валаамское), сообщается о создании рукописи во время архиерейства Геннадия, «егоже благословением архиепископиа его мир глубок приемлет, церкви же Божиа православна одеждею свыше истинною одеяся, исправлением его и научением и светлеется паче солнечных зарей и напаяется, яко от источника приснотекуща». «Книга степенная царского родословия» начала 1560 гг. восхваляет просветительские труды Геннадия (Полное собрание русских летописей). «Русский временник» 1620 гг. возглашает вечную память «премудрому Генадию, и преподобному Иосифу, и всем благочестия поборником». Память Геннадия особо чтилась в Соловецком монастыре. В соловецкий синодик XVII в. был включён помянник Геннадия, содержащий 1045 имён. Соловецкий писатель середины XVII в. инок Сергий (Шелонин) в восьмой песни канона русским святым прославляет Геннадия вместе с другими святителями: «Макария, блаженьству тезоименитаго, святителем славу, со Афанасием Филиппа, и Геронтия, и Даниила, с ними же и Геннадия воспоем, животныя светилники». В Похвальном слове русским святым (1640 гг.) инок Сергий называет Геннадия борцом с ересью. Имя Геннадия среди Новгородских святых встречается в «Описании о российских святых». В «Алфавите русских святых» старообрядческого монаха Ионы Керженского (1807–1811 гг.) о Геннадии записано: «И в древлеписьменных месяцесловах почитается он во святых» (Ярославский музей-заповедник). Евгений Евстигнеевич Голубинский называет Геннадия среди Новгородских владык, которые стали почитаться в Новгороде после Собора 1549 г. Канонизация Геннадия подтверждена включением его имени в Собор Новгородских святых, празднование которого было возобновлено 10 июля 1981 г. (Собор установлен около 1831 г.), в Собор Московских святых, в Собор Карельских святых (установлен в 1974 г.). Наиболее ранние изображения Геннадия известны исследователям в цикле миниатюр Лицевого летописного свода 1570 гг. (Шумиловский том), включающих события из жизни святителя, например: хиротония Геннадия во архиепископа Новгородского, Геннадий посылает «повольную» грамоту на поставление митрополита Зосимы, передаёт вологодские церкви в Пермскую епископию, поездка великого князя Ивана III в Новгород, молебен в соборе Святой Софии и обед у Геннадия, сведение Геннадия с новгородской кафедры, преставление Геннадия и др. (Российская национальная библиотека), а также посвящённых розыску и обличению новгородских еретиков: наказание «новгородских попов» кнутом и возвращение их в Новгород в 1488 г., «смятение в людях» Новгородской земли по поводу ереси «жидовствующих», Иосиф Волоцкий с помощью Геннадия составляет обличительные «слова» и др.