20 февраля 1503 г. Геннадий после более чем десятилетнего перерыва приехал в Москву по повелению великого князя. Это случилось вскоре после окончательной победы в 1502 г. придворной партии великой княгини Софии и Василия Ивановича. В августе – начале сентября 1503 г. Новгородский архиепископ участвовал в работе созванного митрополитом Симоном в Москве Собора. Исследователям известны две соборные грамоты. Первая предписывает овдовевшим священнослужителям принимать монашество и запрещает проживание в одном монастыре монахинь и монахов. Вторая грамота запрещает взимание ставленнической пошлины с духовенства, а также подтверждает возрастной ценз рукополагаемых. По мнению большинства исследователей, Собор выступил также против отчуждения государством церковного недвижимого имущества. Об участии Геннадия в соборной полемике по этому вопросу говорится в «Слове ином», созданном в первой трети XVI в. Заявив, что он уже был «ограблен... прежде сего», архиерей отказывался от выступления на эту тему, затем «нача глаголати противу великому князю о церковных землях», что вызвало резко негативную реакцию Ивана III, который «многим лаянием уста ему загради». 6 сентября 1503 г. Геннадий вместе с митрополитом Симоном и епископами участвовал в освящении нового собора в честь Чуда архангела Михаила в Хонех в Чудовом монастыре. В Новгород Геннадий вернулся 12 ноября и вскоре «остави (отстави?) попы и диаконы вдовые от церкве» (Полное собрание русских летописей). В 1504 г. Геннадий по распоряжению великого князя и митрополита был удалён с кафедры и поселился в московском Чудовом монастыре. В официальном великокняжеском летописании причинами были названы «немощь» архиерея, а также тот факт, что Геннадий, вернувшись после Собора в Новгород, «начят мзду имати у священников от ставлениа наипаче перваго, через свое обещание, съветом единомысленаго своего любовника диака Михаила Иванова сына Алексеева» (Полное собрание русских летописей). Однако исследователи думают, что удаление Геннадия с кафедры стало следствием его позиции в вопросе о церковной собственности. Отречённая грамота Геннадия («своея ради... немощи оставил есмь свою архиепископию») датируется 26 июня 1504 г. Покидая Новгород, Геннадий мог взять с собой в Москву некоторые рукописи, сохранившиеся в Чудовском собрании Исторического музея. По сведениям, приведённым в рукописи Российской национальной библиотеки, незадолго до смерти Геннадий принял схиму с именем Галактион. Он был погребён в правом предалтарии собора в честь Чуда архангела Михаила, в могиле, где покоились мощи митрополита Алексия до перенесения их в посвящённый ему храм. Архиепископ Сергия (Спасский) пишет о нетленности останков Геннадия. После уничтожения собора в 1929 г. его погребение было утрачено. С конца XV в. встречаются свидетельства о почитании «премудрого Генадия», «исправляющего и научающего» церковь.