Анализируя доводы в поддержку той и другой версии, историки в целом считают, что французская корона искренне стремилась примирить гугенотов и католиков. Однако межконфессиональная рознь, особенно в тех городах, где гугеноты и католики сосуществовали вместе, наоборот, обострилась. Кроме того, в политическом отношении Сен-Жерменский эдикт явился актом поддержки более слабой стороны, которая могла стать противовесом деятельности Гизов. Результат – возросший авторитет адмирала Колиньи, фактического руководителя французских гугенотов. Он становился опасен из-за влияния на короля и гугенотские провинции. Предложенная Колиньи программа активной внешней политики Франции предполагала войну против католической Испании – на территории американских колоний, где Франция могла бы расширить свои владения, и в Нидерландах, где против испанского короля воевали боровшиеся за независимость протестанты. 18 августа 1572 г. состоялась свадьба Генриха Бурбона и Маргариты Валуа. На церемонию съехались наиболее видные представители гугенотского дворянства. В Париже, большинство населения которого составляли католики, стали распространяться слухи о гугенотском заговоре, целью которого называли (в том числе) и убийство короля. 22 августа выстрелом из аркебуза в руку был ранен Колиньи. Гугеноты потребовали наказания герцога Генриха Гиза, которого считали организатором покушения. В ночь с 23 на 24 августа в Париже началось избиение гугенотов, которое получило название Варфоломеевской ночи. Полагают, что было убито около 2 тыс. протестантов, собравшихся на свадьбу, в том числе и Колиньи. Погромы гугенотов прошли в некоторых провинциальных городах (Бордо, Тулуза, Орлеан, Лион). После августа 1572 г. конфликт принял характер широкомасштабных войн. Непосредственно за Варфоломеевской ночью последовали четвёртая (1572–1573 гг.) и пятая (1574–1576 гг.) войны. Гугеноты заняли ряд городов. Королевскими войсками был взят Сансер, но крепость Ла-Рошель устояла (с февраля по июнь 1573 г. было предпринято восемь штурмов города). Договоры, заключённые после четвёртой (Ла-Рошельской) и особенно после пятой войны (в Больё), были благоприятны для гугенотов. К этому времени в южных и юго-западных провинциях они достигли политического перевеса, на двух съездах в Мийо (1573 и 1574 гг.) был составлен проект политической организации протестантской конфедерации. Ла-Рошель и Монтобан фактически превратились в городские республики, избравшие свои правительства, затем они объединились в федерацию. Кроме того, постановлялось, что каждая городская община гугенотов будет входить в состав Генеральных штатов протестантской конфедерации. На ассамблее в Ниме (1575 г.) была принята Конституция из 184 статей. Гугенотское «государство в государстве» стало фактом. Во главе его стояли принц Генрих Конде и главнокомандующий армией Карл де Монморанси, герцог Данвиль. Гугенотская республика имела свои армию, суд, финансы, полицию и претендовала на полную независимость от французской короны. Генрих III (1574–1589 гг.) был вынужден выступить во главе войск против армии Конде, к которой присоединились бежавшие из-под надзора Екатерины Медичи Генрих Бурбон и младший брат короля Франциск Алансонский (один руководил армией на берегах Луары, другой возглавил борьбу в Гиени).