Старейшинам доверялись организационные функции, диаконам – сбор пожертвований на нужды консистории, подготовка к катехизации, забота о больных и бедных. Эти должностные лица избирались из мирян. Консистории собирались еженедельно для обсуждения организационно-дисциплинарных и финансовых вопросов. На коллоквиумы выносились вопросы, не входившие в компетенцию консисторий: отлучение, отстранение министров и старейшин от обязанностей, распределение доходов между министрами, назначение министров. В первые десятилетия существования Реформатской Церкви Франции коллоквиумы собирались четыре раза в год, на них присутствовали представители консисторий, министры и старейшины каждого округа. Коллоквиумы подчинялись провинциальным синодам, которые раз в год в каждой провинции рассматривали кадровые вопросы, распределение министров между консисториями, замещение одних другими, а также проводили выборы делегатов на генеральные синоды. Высшей инстанцией в решении всех вопросов, относящихся к вере и церковной дисциплине, считался генеральный синод. На эту ассамблею избирали по 1–2 министра, старейшин и диакона от каждого провинциального синода. С 1559 г. генеральные синоды собирались сначала по требованию церквей, затем ежегодно, с 1572 г. дважды, с 1598 г. трижды в год. Со времени оформления и до 1660 г. генеральные синоды собирались 29 раз, дважды в Париже, а также в Пуатье, Орлеане и Мене, но преимущественно на западе (Ла-Рошель) и юге Франции (Ним, Сент-Фуа, Сомюр, Монпелье). В 1560 гг. возросло количество протестантов на всей территории Французского королевства: в 1560 г. их было от 800 тыс. до 1200–1500 тыс. чел. (6–8% населения Франции). В 1560 г. группа дворян-гугенотов предприняла неудачный поход («амбуазский заговор») на королевский замок в Амбуазе с целью отстранения от власти Гизов, под влиянием которых находился юный король Франциск II (1559–1560 гг.). Знатный лотарингский род Гизов был возвышен Франциском I в противовес влиятельным принцам крови – Бурбонам. Между двумя кланами развернулась борьба за власть. Гизы возглавили ультракатолическую партию, Бурбоны были связаны с «религией недовольных» – кальвинизмом. Соединение политической борьбы с религиозными спорами поставило королевство на грань гражданской войны. Попыткой урегулировать ситуацию стал эдикт, опубликованный в мае 1560 г., о нетождественности собственно религиозных и политических собраний. Расследование преступлений, связанных с ересью, передавалось церковным прелатам, как судьям, которые могут отличить ересь от политических заблуждений. В обязанность прелатов вменялось предупреждение ереси и возвращение еретиков в лоно католической церкви путём проповедей и «насаждения добрых нравов». Протестантам теперь дозволялись богослужения, министрам реформатских церквей разрешалось собирать синоды и консистории только с санкции королевских чиновников. Политические собрания строжайше запрещались. Неожиданная смерть Франциска II привела к отстранению Гизов от власти: при 10-летнем Карле IX (1560–1574 гг.) регентшей стала королева-мать Екатерина Медичи, а перешедший из кальвинизма в католичество Антуан де Бурбон (1518–1562 гг.), король Наварры (с 1555 г.), был назначен генеральным наместником королевства.