Новое правительство под влиянием канцлера Мишеля де Лопиталя (1505/1507 – 1573 гг.) проводило политику частичного разрешения кальвинизма. В декабре 1560 г. на открытии Генеральных штатов в Орлеане канцлер призвал к примирению противников: «Отложим в сторону эти дьявольские слова: “политические партии”, “крамолы” и “восстания”, “лютеране” и “гугеноты”, “паписты” и будем называться просто христианами». Свидетельством изменения политического курса в отношении протестантов стал коллоквиум в Пуаси (сентябрь 1561 г.). Созыв ассамблеи духовенства для выборов делегатов на очередную сессию Тридентского собора (1545–1563 гг.) был использован для открытой дискуссии между французскими католическими прелатами и министрами реформатских церквей по вопросу осмысления таинства Евхаристии. Коллоквиум в Пуаси стал первым случаем, когда кальвинистские богословы (Теодор Беза, Пётр Мартир) выступили с изложением своих религиозных воззрений в присутствии короля. 17 января 1562 г. был издан «эдикт терпимости», согласно которому кальвинистам предоставлялась свобода собираться для богослужений, но без оружия и за городской чертой. Гугеноты были ограничены в действиях во время католических праздников и других торжеств. Январский эдикт предоставил максимально возможные уступки протестантам (впоследствии они стремились только к восстановлению его условий). В первой из серии религиозных войн (1562–1563 гг.), спровоцированной «резнёй в Васи» (март 1562 г.), дворяне герцога Франциска Гиза напали на толпу гугенотов, организовавших публичное моление в городе, и 23 гугенота было убито, около 100 ранено. Расправы с кальвинистами произошли в Анже, Сансе, Осере, Туре, Труа и Каоре. В свою очередь, протестанты заняли Лион, Тулузу, Бурж, Орлеан. Во главе гугенотов встали адмирал Гаспар Колиньи и принц Людовик Конде. Армии католиков возглавили коннетабль Анн де Монморанси, герцог Гиз и маршал Ж. д'Альбон де Сент-Андре, составившие «триумвират», к которому присоединился Антуан Бурбон. Захватив Пуатье (30 мая 1562 г.) и Бурж (31 августа 1562 г.), королевская армия направилась к Руану, бывшему в руках гугенотов. Через несколько дней после взятия города скончался раненный там Антуан Бурбон (17 ноября 1562 г.). 19 декабря 1562 г. Гиз одержал победу над гугенотами в битве при Дрё. Главы обеих армий, Конде и Монморанси, были захвачены в плен, Сент-Андре убит. После осады Орлеана и убийства Гиза был подписан мирный договор в Амбуазе (19 марта 1563 г.). Гугенотам дозволялось собираться лишь в пригородах нескольких крупных городов, включая те, которые находились в их владении на момент подписания мира. Однако обе стороны были недовольны условиями договора. Обострение отношений между гугенотами и королевской властью привело к постепенному отходу от политики веротерпимости. В ответ на крупное восстание в Нидерландах против испанского владычества, в котором кальвинисты играли активную роль (1566 г.), испанский король Филипп II (1527–1598 гг.) из династии Габсбургов послал во Фландрию большую армию во главе с герцогом Альбой, которая прибыла из герцогства Миланского по так называемой восточной дороге, обогнув восточные границы Франции. Поначалу никто точно не знал, куда она направляется. Карл IX принял меры предосторожности, набрав войско из 6 тыс. швейцарских наёмников.