В битве при Кутра (20 октября 1587 г.) гугенотские войска Генриха Бурбона разбили католиков, но 24 ноября Генриху Гизу удалось разгромить войска наёмных немецких рейтаров, которые должны были соединиться с армией гугенотов. Упоённый победами Генрих Гиз не скрывал своих претензий на французский престол. Генрих III снова стал склоняться к гугенотам, стараясь восстановить Генриха Наваррского против Гизов. Лигеры, собравшись в январе 1588 г. в Нанси, обратились к королю с требованием уволить с общественных должностей всех тех, на кого они укажут, продать все имения еретиков и начать войну с гугенотами. 9 мая 1588 г. герцог прибыл в Париж, где антигугенотская и антикоролевская агитация достигла апогея. Распространялись слухи, что гугеноты готовят Варфоломеевскую ночь для католиков. 12 мая на улицах Парижа стали строиться баррикады. Король бежал в Шартр и в таких условиях согласился на все требования: отдать в распоряжение лиги шесть городов, пустить в продажу имения протестантов, созвать Генеральные штаты. Он объявил принцев-еретиков лишёнными прав на престол, соглашался начать войну, назначив Гиза главнокомандующим. В октябре 1588 г. в Блуа собрались Генеральные штаты. Почти все депутаты были сторонниками лиги (среди депутатов не было ни одного гугенота). Штаты единогласно постановили продолжать войну с протестантами. Убийство Гиза по приказу короля (23 декабря 1588 г.) вызвало негодование французов. Париж объявил о неподчинении королю. 30 апреля 1589 г. в Плеси-ле-Тур Генрих III заключил союз с Генрихом Наваррским и предпринял совместную осаду Парижа. После смерти Генриха III (1 августа 1589 г.), убитого доминиканцем Жаком Клеманом, протестант Генрих Бурбон стал легальным наследником престола. Чтобы вступить на французский престол, ему пришлось вести длительные военные действия против лиги для «завоевания и умиротворения королевства» (девятая религиозная война, 1589–1598 гг.). 25 июля 1593 г. он отказался от протестантской веры и стал католиком (в историю вошла его фраза: «Париж стоит мессы»). В 1595 г. отлучение от церкви французского короля Генриха IV Бурбона (1589–1610 гг.) было снято папой Климентом VIII (1592–1605 гг.). «Умиротворять» пришлось не только католиков. В 1595 г. на ассамблее гугенотов, собравшейся в Фуа без разрешения монарха, был поставлен вопрос об избрании нового протектора протестантских церквей. Кроме того, национальный синод протестантских церквей в том же году принял решение о «единении протестантских церквей Франции с церквами Нидерландов всеми возможными средствами», что угрожало углублением раскола государства. Серией эдиктов примирения (1594–1596 гг.) подтверждалось отправление католических богослужений во всех городах, признавших власть Генриха IV, за исключением Тулузы и некоторых городов Лангедока, в окрестностях которых разрешались протестантские богослужения. Стремясь установить мир и прекратить беспорядки, король просил о милосердии к протестантам. Для гугенотов актуальным оставался вопрос о свободе отправления богослужения повсеместно, без территориальных ограничений. Подписание Нантского эдикта (13 апреля 1598 г.) завершило религиозные войны. Эдикт предоставил гугенотам особый статус – они уравнивались в гражданских правах с католиками и получали доступ к государственным должностям (при исполнении должностных обязанностей гугенотам разрешалось не присутствовать на религиозных католических церемониях).