Вводились строгая цензура в издательском деле, контроль за типографами, книготорговцами, королевскими чиновниками, а также за деятельностью школьных и университетских преподавателей, запрещалось ввозить какие бы то ни было книги из Женевы. К этому времени, несмотря на гонения, французский протестантизм значительно окреп. В 1530–1540 гг. во Францию проникли идеи швейцарских реформаторов, в первую очередь, Жана Кальвина (1509–1564 гг.), который в 1536 г. посвятил первое латинское издание «Наставлений в христианской вере» французскому королю (написанное с пространным обращением к Франциску I и не без надежды преподнесённое монарху автором, сочинение было демонстративно сожжено на паперти собора Парижской Богоматери). По мере упрочения власти Ж. Кальвина в Женеве в 1550 гг. во Франции планомерно распространялась печатная продукция пропагандистского характера, которую развозили по стране кальвинистские пасторы. Организующая роль в реформационном движении принадлежала католическим клирикам, которые перешли в кальвинизм. К этому времени всё большая часть элиты (знатное дворянство, королевские чиновники) обращалась в кальвинизм или сочувствовала ему. С 1555 г. гугеноты появились в Париже, на ул. Сен-Жак в доме королевского советника Жака Бертомье был устроен молельный дом. В сентябре 1557 г. разъярённая парижская толпа ворвалась туда во время богослужения, на которое собралось около 400 человек. По судебному разбирательству семь кальвинистов были приговорены к сожжению. В 1558 г. гугеноты организовали публичное пение псалмов на «лугу клириков» (Пре-о-Клер) близ монастыря Сен-Жермен-де-Пре, что повлекло королевский запрет на публичные выступления протестантов, а моления разрешались лишь в частных домах. В религиозных церемониях гугенотов широко использовались переведённые на французский язык поэтом Клеманом Маро 30 ветхозаветных псалмов. Перевод Маро Сорбонна объявила еретическим, и тому пришлось бежать из Франции в Женеву, где он перевёл ещё 20 псалмов (их второе расширенное издание вышло в 1543 г. с предисловием Ж. Кальвина). Луи Буржуа и позднее Клод Гудимель написали мелодии для этих французских псалмов. Завершённый в 1562 г. сборник получил известность как «Женевская Псалтирь». Оформление протестантской церкви во Франции состоялось 25–28 мая 1559 г. в Париже, где собралась тайная ассамблея представителей 11 протестантских общин (первый национальный синод Реформатской Церкви Франции) и было принято Галликанское исповедание, выработаны общие организационно-дисциплинарные нормы, унифицирована деятельность всех общин. Организация французских протестантов представляла собой иерархию оформленных посредством выборов ассамблей, коллоквиумов, провинциальных и генеральных (национальных) синодов. Ядром организации была автономная в своей деятельности консистория, состоящая из министров (пасторов), старейшин и диаконов. Центральной фигурой являлся министр. Кандидаты в министры рекомендовались консистории коллоквиумом или провинциальным синодом и вводились в должность после двух–трёх публичных проповедей и с одобрения мирян-членов общины. Согласно решению третьего национального синода (1562 г.) в министры могли быть допущены неофиты из бывших католических епископов и кюре.