После этого Григорий Палама по совету монахов удалился в Ираклию, что дало патриарху повод обвинить его в бегстве от Собора. В своё оправдание тот указывал, что догматические разногласия были только предлогом. В июне 1342 г. в отсутствие Григория Паламы патриарх созвал синод, на котором было принято решение об уничтожении всех сочинений святителя, написанных после июля 1341 г., что, по всей видимости, не имело никаких практических последствий. Через четыре месяца к Григорию Паламе в Ираклию прибыл императорский чиновник Скутариот и, обыскав келью святителя на предмет писем от Иоанна Кантакузина, доставил его самого в Константинополь. Рассмотрев дело, совет признал Григория Паламу невиновным, но патриарх заключил его в монастырь под стражу. По жалобе Григория Паламы дуке Алексею Апокавку стража была снята, но патриарх перевёл Григория Паламу в другой монастырь (одним из этих монастырей был монастырь Христа Непостижимого). Спустя некоторое время Григорию Паламе удалось покинуть монастырь и добраться до храма Святой Софии, где он более чем с 16 учениками провёл два месяца, пользуясь правом убежища и требуя созыва Собора. Однако, в конце концов, ему пришлось покинуть храм (поскольку, по словам Григория Паламы, патриарх пошёл на нарушение правил храма Святой Софии), после чего он вместе со своим учеником Дорофеем был арестован и заключён в дворцовую тюрьму. В заключении он продолжал писать. Тогда же патриарх дал Акиндину разрешение на публикацию сочинений против святителя. И в сентябре 1342 г. – начале 1343 г. Акиндин написал «Большое» и «Малое» опровержения (систематическое в четырёх частях и подстрочное, которое сохранилось не полностью) «Диалога православного с варлаамитом». Григорий Палама ответил «Антирритиками» («Опровержениями») против Акиндина. В письмах к разным лицам с 1342 по 1344 гг. святитель значительно уточнил свою богословскую терминологию и более подробно обосновал главные положения своего учения. 4 ноября 1344 г. (или незадолго до этого), после неудавшихся переговоров с Иоанном Кантакузином, состоявшихся в сентябре того же года, и ужесточения политики в отношении сторонников великого доместика, патриарх Иоанн XIV Калека созвал синод, который отлучил Григория Паламу от церкви (текст осуждения утерян). Кроме того, синод низложил друга и соратника Григория Паламы Исидора, наречённого митрополита Монемвасийского, которого патриарх намечал поставить на эту кафедру после Соборов 1341 г., благоволя в то время к Григорию Паламе. Присутствовавшие на заседании синода патриархи Антиохийский Игнатий, прибывший летом 1344 г. в Константинополь для подтверждения своего избрания, и Иерусалимский Герасим, поставленный Иоанном Калекой, подтвердили решение синода. Кроме того, Игнатий написал послание против Григория Паламы, которое Иоанн XIV Калека некоторое время не предавал огласке. Позднее Григорий Палама, познакомившись тайно с этим посланием, написал его опровержение. Иоанн XIV Калека также добился от императрицы Анны, чтобы решение синода было подтверждено императорским указом («Второе письмо к Макарию»). Афонские монахи, обратившиеся к патриарху, императрице и высоким сановникам с письмами в защиту Григория Паламы, потерпели неудачу.