В конце 1341 г. после безуспешных попыток повлиять на сложившуюся политическую ситуацию Григорий Палама удалился в монастырь св. Михаила Сосфенийского, «монастырь небесных Архистратигов» («Письмо к Филофею»), где предался «обычному безмолвию, оплакивая преслушание народа и совершенную его погибель». В 1341 и 1342 гг. святитель написал шесть трактатов («О единении и различении», «О божественных энергиях», «О божественной и обоживающей причаствуемости», «Диалог православного с варлаамитом», диалог «Феофан», трактат «(О том,) что Варлаам и Акиндин поистине нечестиво и безбожно разделяют единое божество на два неравные божества»), в которых развил учение о сущности и энергиях как традиционное святоотеческое, опровергая основные положения и обвинения Акиндина. Эти сочинения послужили основанием для новых обвинений в его адрес, на этот раз – в рассмотрении и обсуждении спорных богословских вопросов, что было запрещено соборным томосом 1341 г. Для патриарха Иоанна XIV Калеки, не сумевшего склонить Григория Паламу на свою сторону, но боявшегося значительно возросшего после Соборов 1341 г. авторитета святителя, это стало формальным поводом к тому, чтобы позволить Акиндину устно критиковать богословие Григория Паламы. По словам святителя Филофея, патриарх стал возвышать Акиндина вначале исподволь, без шума, а потом совершенно открыто. В середине Великого поста 1342 г. патриарх направил в монастырь к Григорию Паламе посла с предложением поддержать его в обмен на молчание Акиндина. Григорий Палама ответил отказом, заметив, что в отношении уже осуждённого Акиндина патриарх должен исполнить свой долг. В Вербное воскресенье, 24 марта 1342 г., Григорий Палама отправился в Константинополь в связи с прибытием туда афонской делегации во главе с протом Исааком, посланной по просьбе Иоанна Кантакузина для урегулирования конфликта. Частная аудиенция у императрицы в присутствии патриарха и сановников, состоявшаяся на Светлой седмице, не имела никаких результатов, и после 12 мая Григорий Палама вернулся в одну из пустыней монастыря св. Михаила. В Константинополь он снова отправился после того, как узнал, что между 19 и 26 мая некий церковный чиновник приезжал в монастырь и, не найдя там Григория Паламу, вернулся в Константинополь. После приезда в столицу друзья сообщили Григорию Паламе о состоявшемся Соборе с целью его осуждения. На Соборе присутствовали созванные Иоанном XIV Калекой архиереи, государственные чиновники, родственные Ирине Хумнене, вдове деспота Иоанна Палеолога, и Акиндин со множеством своих сторонников, «учеников Варлаама». Но Собор не принял никакого решения. Однако политическая причина преследований Григория Паламы открылась при встрече патриарха с афонскими монахами, возглавляемыми протом Исааком. В ответ на недоумение монахов, в чём причина предполагаемого созыва нового Собора, если патриарх сам поддерживал святителя на Соборах 1341 г., когда сочинения Варлаама были осуждены, а сочинения Григория Паламы одобрены и утверждены томосом, патриарх ответил, что перехвачены четыре письма Григория Паламы к Иоанну Кантакузину и его соратникам, но доказательств предоставить не смог.