Наделение палат законодательными полномочиями сообщало государственному строю России черты конституционной монархии, но сохранение самодержавного правления не соответствовало их основным принципам. Теоретики государственного права признавали, что с изданием манифеста от 17 октября 1905 г. Россия фактически стала конституционной монархией, и с этого времени самодержавие, упоминаемое в «Основных... законах», приобрело значение суверенитета, а не абсолютной власти. Выборы первой Государственной думы были проведены в феврале-марте 1906 г. Крайние левые партии, в том числе большевики, бойкотировали их. Правые партии в условиях революции не смогли провести своих кандидатов в Думу. Победили на выборах умеренно левые партии, прежде всего, Конституционно-демократическая (кадеты). В церковной печати обсуждался вопрос об участии священнослужителей в выборах. В большинстве статей, затрагивающих эту тему, подчёркивалась недопустимость вступления клириков в политические партии, опасность разобщения в среде духовенства. Тем не менее, шесть священников стали депутатами. В Думу также был избран католический Виленский епископ Эдуард Ропп. Депутатами разных созывов Государственной думы становились ксендзы, муллы, раввины. Торжественное открытие Государственной думы и Государственного совета состоялось 27 апреля 1906 г. в Зимнем дворце Санкт-Петербурга, его возглавил Николай II, Санкт-Петербургский митрополит Антоний (Вадковский) отслужил молебен. Местом заседаний Думы стал Таврический дворец, её председателем был избран один из лидеров кадетской партии – Сергей Андреевич Муромцев. С самого начала общее направление думской дискуссии и выносимых решений показало, что большинство в Государственной думе не признаёт «Основных... законов» и не намерено сотрудничать с правительством, предпочитая поддерживать продолжающуюся революцию. Депутаты требовали назначения «ответственного правительства», имея в виду ответственность перед Думой и участие Думы в его формировании. 12 мая депутатами из кадетской фракции в повестку дня был внесён проект закона «О свободе совести», согласно которому признавалось равенство всех религий в России, вводилась свобода перемены вероисповедания с 17 лет, учреждалось гражданское ведение метрических записей. По существу, речь шла о последовательном отделении православной церкви от государства, хотя соответствующей формулировки в законопроекте не было. Одобрение этого акта императором не последовало. Многие другие законопроекты также не были направлены на совершенствование законодательства, а являлись своего рода манифестами в революционной борьбе с правительством.