В поддержку права проповеди выступили священник Пётр Исполатов от либерально настроенного православного духовенства, большинство октябристов (некоторые из них сами были старообрядцами), а также левые депутаты, в частности кадет Павел Николаевич Милюков. 21 мая 1909 г. проект был принят большинством голосов в редакции комиссии. Разногласия по вопросу о статусе старообрядческих общин послужили одной из главных причин разрыва союза между националистами и октябристами в Государственной думе и выделения из октябристской фракции правого крыла, сохранившего тесные отношения с националистами. Это привело к распаду блока умеренно правых и центристов, на который опирался П.А. Столыпин. 22 мая 1909 г. с докладом по законопроекту «Об изменении законоположений, касающихся перехода из одного вероисповедания в другое» выступил депутат Каменский. Члены Комиссии по вероисповедным вопросам внесли в правительственную редакцию существенные поправки, расширявшие возможности свободного перехода из одной конфессии в другую, включая право на выход из православной церкви. В то же время замечания к правительственному законопроекту со стороны Синода были направлены на защиту правового статуса господствующей церкви. Выступая в Государственной думе, правые и националисты поддерживали позицию Синода, левые – законопроект в редакции комиссии. Некоторые из правых депутатов предлагали допускать отпадение от православия лишь для лиц, чьи ближайшие предки не принадлежали к православной церкви, повысить возрастной ценз для переходящих из одной религии в другую (не моложе 21 года), ввести образовательный ценз. На заседании 22 мая П.А. Столыпин критиковал поправки со стороны правых и левых депутатов, настаивал на возвращении к правительственной редакции. Однако 1 июня усилиями думского большинства проект закона был принят в редакции комиссии с незначительными поправками. П.А. Столыпин был обеспокоен тем, что обсуждение законопроектов по религиозной тематике приводит к обострению взаимоотношений между фракциями, и решил снять с обсуждения в Думе законопроекты «Об отношении государства к отдельным вероисповеданиям» и «Об изменениях в области семейственных прав, вызываемых свободой совести». 13 мая 1911 г. на пленарном заседании Думы был рассмотрен законопроект «Об издании правил относительно секты мариавитов», предварительно изученный в Комиссии по вероисповедным вопросам. Проект не вызвал глубоких разногласий и был принят в тот же день. Мариавиты, отделившиеся от католической церкви, признавались законно существующей сектой с правом беспрепятственного исповедания своего учения и совершения богослужений.