К конструктивному рассмотрению проектов законов, ориентированных на расширение прав инославных и иноверных исповеданий с сохранением преимуществ православной церкви, готовы были правые, умеренно правые и октябристы. П.А. Столыпин пытался опереться на них, надеясь также привлечь к законодательному творчеству умеренно левые фракции, в том числе кадетов. Но кадеты и близкие к ним фракции использовали думскую трибуну для пропаганды идеи о полном равноправии религиозных общин и о превращении России во внеконфессиональное государство. Эта позиция доминировала и на заседаниях Комиссии по свободе совести (всего их было 13). За основу дискуссии комиссия приняла положения, которые содержались в проекте закона «О свободе совести», внесённом кадетской фракцией в повестку дня первой Государственной думы. Ни один из правительственных законопроектов не был вынесен комиссией на пленарное обсуждение Думы. В правых изданиях выражалось возмущение, авторы писали об унижении православия. Столь же непримиримую позицию занимало думское большинство и по другим законопроектам правительства. Епископ Евлогий участвовал в деятельности трёх думских комиссий: по церковному законодательству, народному образованию и аграрной. В аграрной комиссии защищал интересы православных крестьян Холмщины, притесняемых польскими помещиками-католиками, что вызвало неодобрение многих правых депутатов, отстаивавших неприкосновенность дворянского землевладения. Епископ Евлогий поднял вопрос о выделении из Привислинского края (Польша) Холмской губернии, т.к. большинство населения территории составляли русские, украинцы и белорусы православного или униатского вероисповедания. Это вызвало резко негативную реакцию со стороны депутатов от Польского кола и от всех левых. 1 июня 1907 г. П.А. Столыпин выступил перед Государственной думой с требованием лишить депутатской неприкосновенности 55 членов Думы, принадлежавших к социал-демократической фракции, которые обвинялись в заговоре, направленном на свержение правительства. Государственная дума не дала согласия на это, передав требование правительства в специальную комиссию. 3 июня Николай II издал манифест «О роспуске Государственной думы, о времени созыва новой Думы и об изменении порядка выборов в Государственную думу». В новом «Положении о выборах в Государственную думу», также подписанном 3 июня, по сравнению с прежним порядком увеличивалось представительство депутатов от курий землевладельцев и крупных городских собственников, сокращалось количество мест для депутатов от крестьян и рабочих, а также от национальных окраин.