После принятия в Думе проекты законов поступали на обсуждение в Государственный совет. В этой палате позиции правых были сильнее, чем в Государственной думе. Государственный совет не утвердил, но и не отклонил законопроекты по религиозным вопросам в думской редакции, передав их в согласительные комиссии, состоявшие, как правило, из семи представителей от каждой из двух законодательных палат. Эти комиссии внесли в думские законопроекты поправки, направленные на то, чтобы сделать их более приемлемыми для Синода. В такой редакции они поступили на повторное рассмотрение в третью Государственную думу. Новое обсуждение состоялось по законопроектам «Об издании правил относительно секты мариавитов» и «Об изменении постановлений закона, ограничивающего права духовных лиц православного исповедания, добровольно снявших с себя духовный сан или звание и лишённых духовного сана или звания судом». Несмотря на возражения крайних правых, второй был принят в редакции согласительной комиссии, но был отклонён императором, который увидел в нём посягательство на права и преимущества православной церкви. Законом стал лишь проект «Об издании правил относительно секты мариавитов», подписанный Николаем II 11 марта 1912 г. Депутаты от духовенства активно участвовали также в обсуждении других законопроектов. Епископ Митрофан (Краснопольский) возглавил Комиссию о мерах борьбы с пьянством. Среди вопросов, связанных с национальной политикой правительства, особенно важным оказался проект о создании Холмской губернии, инициированный епископом Евлогием (Георгиевским). По этому вопросу было принято положительное решение: в 1912 г. из частей Люблинской и Седлецкой губерний была выделена новая губерния. Это вызвало негодование депутатов от Польского кола, назвавших данное событие «четвёртым разделом Польши». Выборы в четвёртую Государственную думу состоялись в сентябре-октябре 1912 г. Среди 442 избранных депутатов относительное большинство осталось за октябристами (98 мест), хотя состав Государственной думы был несколько левее предыдущего. Перед выборами в правой печати раздавались призывы к увеличению представителей от духовенства среди депутатов, к созданию «фиолетовой» Думы. Обер-прокурор Синода Владимир Карлович Саблер предложил епископу Евлогию (Георгиевскому) организовать отдельную фракцию от духовенства, но тот отказался и не принимал участия в выборах. В результате членами Думы (на момент начала её работы) стали 46 православных священнослужителей, включая Кременецкого епископа Никона (Бессонова; впоследствии снял с себя сан и монашество) и Елисаветградского епископа Анатолия (Каменского). В числе депутатов были протоиерей Алексий Будрин и Василий Павлович Шеин (впоследствии архимандрит Сергий).