Подписание этих документов и роспуск второй Государственной думы получили название «государственного переворота», т.к. император, согласно «Основным... законам», принятым 23 апреля 1906 г., не имел права вносить изменения в постановления о выборах в Государственную думу во время прекращения сессий. Временем этих событий принято датировать окончание революции 1905–1907 гг. Выборы в новую Думу проходили в сентябре-октябре 1907 г. Реформа избирательного законодательства, а также перемены в настроениях общества привели к значительному изменению депутатского состава. Победу одержал «Союз 17 октября» (октябристы), занявший в Думе ключевое центристское положение: блокируясь либо с правыми, либо с кадетами, октябристы могли обеспечить принятие любого законопроекта. В третьей Государственной думе (на момент начала её работы) было 45 священнослужителей. В число депутатов вновь был избран епископ Евлогий, а также Могилёвский епископ Митрофан (Краснопольский). Значительное большинство священнослужителей вошли в правую и умеренно правую фракции. Мусульманскую группу составили восемь депутатов. Открытие Думы состоялось 1 ноября 1907 г. Председателем избрали октябриста Николая Алексеевич Хомякова, сына Алексея Степановича Хомякова. В 1910 г. его сменил лидер октябристов Александр Иванович Гучков, старообрядец по вероисповеданию, а в 1911 г. – октябрист Михаил Владимирович Родзянко. Среди восьми постоянных думских комиссий были Комиссии по вероисповедным вопросам (председатель – октябрист Пётр Валериевич Каменский) и по делам православной церкви (председатель – октябрист Владимир Николаевич Львов), позже Комиссия по старообрядческим вопросам (председатель – кадет Василий Андреевич Караулов). Третья Государственная дума была готова к конструктивному сотрудничеству с правительством, которое возглавлял П.А. Столыпин, а после его убийства в 1911 г. – Владимир Николаевич Коковцов. Третья Государственная дума действовала до истечения своих полномочий 9 июня 1912 г. Важнейшие законы, принятые ею, были связаны с землевладением. Большинство депутатов поддержали аграрные реформы П.А. Столыпина. Отношения между Государственной думой и Синодом постепенно становились конфликтными, большинство депутатов критически относились к Синоду, что отражалось на обсуждении его финансовой сметы. В частности, депутаты отказывались повышать ассигнования на церковноприходские школы. В результате долгих обсуждений законопроекта «О введении всеобщего начального обучения» Дума в 1911 г. приняла его в редакции, утверждавшей передачу церковноприходских школ в ведение Министерства народного просвещения.