9 июля был опубликован манифест о роспуске первой Государственной думы и об избрании новой Думы, эта Дума обвинялась в попытках подорвать устои государственного строя и в действиях, направленных на углубление смуты. Большая группа депутатов не подчинилась воле императора, собралась нелегально в Выборге и 10 июля выпустила воззвание с призывом к мирному неповиновению. За это выступление депутаты были подвергнуты трёхмесячному аресту и лишению политических прав, включая право быть избранными в новую Думу. Среди них были священники Клавдий Афанасьев и Николай Огнев, с которых сняли сан. Новые выборы Государственной думы состоялись в январе 1907 г. Крайние левые партии эти выборы не бойкотировали. Большую активность проявили и правые политики. Вторая Государственная дума (как и первая) по составу оказалась резко оппозиционной правительству. Кадеты вновь составляли в ней относительное большинство, но не столь убедительное, их потеснили и слева, и справа. Со стороны Синода не было возражений против участия в избирательной кампании священнослужителей. Депутатами стали Чигиринский епископ Платон (Рождественский) и Холмский епископ Евлогий (Георгиевский), а также 11 священников. Епископы Платон и Евлогий стали членами правой фракции, а большинство священников примкнули к левым депутатам. Так, священник Григорий Петров вошёл во фракцию кадетов, священники Константин Колокольников, Александр Архипов, Феодор Тихвинский присоединились к революционным группам. Все четверо за свою политическую деятельность и неподчинение священноначалию были лишены священного сана. В Думе возникла также крупная мусульманская фракция, в которую вошли 30 депутатов. Вторая Государственная дума была открыта 20 февраля 1907 г. По воспоминаниям епископа Евлогия, во время молебна при открытии заседаний молились члены правительства и депутаты из священников и крестьян. Остальные члены Думы «не только не присоединились к молящимся, но вели себя так непринуждённо, что можно было подумать – они нас не видят и не слышат». Председателем Думы стал кадет Фёдор Александрович Головин. 6 марта перед Государственной думой выступил с правительственной декларацией председатель Совета министров Пётр Аркадьевич Столыпин, который выразил надежду на тесное сотрудничество Думы с правительством в законодательном творчестве. П.А. Столыпин обозначил круг тем, по которым правительство намеревалось внести в Думу законопроекты, в частности, о свободе совести и правовом статусе православной церкви и других вероисповеданий.