Э. Брайер и Д. Уинфилд считают, что, возможно, Евгений Аравракский был постепенно заменён в агиографической традиции Евгением Трапезундским. В их Житиях есть много совпадений: оба святых проповедовали христианскую веру в Сатале, не желали принести жертву богам на разожжённом жертвеннике, пострадали при Лисии Сатальском и Агриколае Севастийском во времена гонений на христиан императоров Диоклетиана и Максимиана. Одно из ранних изображений святых представлено в сцене мученичества на миниатюре в минологии императора Василия II (976–1025 гг.). Мученики Евгений, Кандид, Валериан и Акила, предстоящие в молении Спасителю на престоле, изображены на рельефе крышки реликвария из Трапезунда (1420–1444 гг., церковь Сан-Марко, Венеция). Образы святых заключены в арки на колонках, каждый имеет надпись. Изображение в рост одного Евгения, средовека с тёмными вьющимися волосами и короткой округлой бородой, в сиреневом плаще и в красном хитоне, есть на миниатюре в греко-грузинской рукописи XV в. (так называемой Афонской книге образцов; Российская национальная библиотека). Сведения о святых в греческих ерминиях (например, «Ерминии» Дионисия Фурноаграфиота), а также в русских сводных иконописных подлинниках XVIII в. отсутствуют. Монастырь и храм мученика Евгения Трапезундского были одними из важнейших церковных центров не только Трапезунда, но и всей Северо-Восточной Анатолии. Однако в истории храма есть пробелы. Храм Евгения расположен на высоком холме между двумя оврагами, к востоку от городской цитадели. По сведениям митрополита Иосифа Лазаропула, храм был возведён рядом с родительским домом Евгения, и его родственники принимали участие в строительстве (реконструкции?). Согласно поздней местной традиции, строительство храма связано с именем Велизария, полководца при императоре Юстиниане. В VII в. Анания Ширакаци встретил в церкви Евгения своего будущего учителя, знаменитого учёного Тихика Византийского (это первое конкретное упоминание в источниках о храме Евгения). Монастырь Евгения впервые упоминается в царствование императора Василия I: тогда его игуменом был Антоний Пайпертский. Кроме него называются следующие настоятели монастыря: Ефрем (преемник Антония), фигурирующий во многих чудесах Евгений, Феодор (племянник Ефрема, исцелённый Евгением), Павел Галисиот; при императоре Константине IX Мономахе (1042–1055 гг.), Мелетий, Лука Цафис (1297–1330 гг.) и Василий. В монастыре Евгения в 1301–1302 гг. (исследователи полагают, что и в другие годы) преподавал учёный иеромонах Григорий Хиониадис, проживший до того несколько лет в Иране (между 1295 и 1301 гг.) и изучивший там персидские и арабские языки и астрономию. Монастырь обладал значительными земельными владениями и подворьем в районе Пайперта. Каждое лето туда ездила делегация из трапезундского монастыря.