В нынешнем виде храм Евгения (перестроен вскоре после 1340 г.) представляет собой типичный образец архитектуры эпохи Трапезундской империи. Это сложенное из тёсаного камня (с использованием плинфы в арках) здание типа вписанного креста на ступенчатом цоколе с вимой и тремя апсидами – прямоугольной центральной и полуциркульными боковыми. Купол со ступенчато поднимающимися подпружными арками опирается с востока на два массивных крещатых столпа, а с запада – на две дорические колонны вторичного использования (подаренные Василием II), частично обложенные в более позднее время камнем. Если подпружные арки под куполом сложены из камня, то все боковые арки – из плинфы, что может быть свидетельством их разновременности. К храму примыкали притворы: с севера (сохранился), с запада (утрачен при перестройке в мечеть) и, вероятно, с юга. Южная подпружная арка оказалась заметно уже опоры, а дополнительная арка в торце западного рукава креста лишена завершения, что говорит о возведении их не слишком искусным мастером, возможно, при одной из перестроек храма. В турецкое время были растёсаны окна, пробит новый вход с востока, пристроен минарет и забелены стены. Храм украшен каменной резьбой на карнизах и отдельных блоках фасадов с изображениями двух птиц у чаши с виноградной лозой, а также с растительными мотивами, крестами, арочками и орнаментами. При снятии позднейшей турецкой побелки в интерьере и экстерьере храма неоднократно проступали следы фресок 1350 годов, в том числе в 1973 г. была открыта композиция с Христом и ангелами в северной части западной стены. Иосиф Лазаропул упоминает о фресковом изображении святого Иоанна Предтечи в левой части храма с висящей рядом серебряной цепью, а также об иконе Евгения, подаренной монастырю в XI в. (исследователям неизвестно, где она находилась и как долго просуществовала). В западном притворе, по свидетельству Финлея, находилась фреска с изображением Великих Комнинов – от Алексея I до Алексея III, хотя Э. Брайер и Д. Уинфилд склонны видеть здесь, скорее, ктиторский портрет Алексея III и его семьи. 22 ноября 1898 г. в 80 м к юго-западу от храма Евгения была открыта пещерная церковь с фреской, изображавшей Евгения; последнее упоминание об этом пещерном храме датируется 1904 г. Известны две рукописи из монастырского скриптория. Литургический Типикон был написан и украшен в феврале 1346 г. Иоанном Аргиром для крупного землевладельца Прокопия Ханцамиса из Мацуки, который передал рукопись в дар монастырю Евгения. Поскольку этот Типикон представляет собой список Иерусалимского устава, исследователи предполагают, что в середине XIV в. монастырь Евгения жил именно по этому уставу. Манускрипт украшен миниатюрами, которые аллегорически иллюстрируют 12 месяцев. В 1365 г. нотарий священник Георгий Раферендарий написал здесь другую литургическую рукопись, стихирарь – 1230 г., на кожаном переплёте которой изображён Евгений на коне.