Округа на северо-востоке бывшей области Войска Донского (Хопёрский, второй Донской и Усть-Медведицкий) вошли в Царицынскую губернию, к которой в 1923 г. также присоединили станицы Букановскую, Слащёвскую, Федосеевскую и Усть-Хопёрскую Верхнедонского округа. Новообразованной Донецкой губернии УССР из бывшей области Войска Донского отошли Таганрогский округ, Гундоровская, Калитвенская, Каменская, Усть-Белокалитвенская станицы и Карпово-Обрывская волость Донецкого округа, город Александровск-Грушёвский (Шахты), станица Владимирская и северные части станиц Аксайской и Грушёвской Черкасского округа, а также Сулиновская волость. Летом 1924 г. Донская область была упразднена, её территорию, вошедшую в феврале в состав Юго-Восточной области, разделили на четыре округа: Донецкий, Морозовский, Ростовский (в сентябре 1924 г. переименован в Донской), Сальский. В октябре 1924 г. Юго-Восточная область после присоединения к ней ряда территорий была переименована в Северо-Кавказский край, центром которого являлся Ростов-на-Дону. Митрофан (Симашкевич), 7 апреля 1919 г. возведённый в сан митрополита, не покинул епархию вместе с белыми войсками, а укрылся в Старочеркасском монастыре и вскоре вернулся в Новочеркасск. Аксайский епископ Ермоген эмигрировал с белыми войсками. В 1920 гг. проводились массовая конфискация церковного имущества, разграбление и закрытие храмов и монастырей, репрессии против духовенства. В июле 1921 г. донские чекисты рапортовали о ликвидации «Армии спасения России», возглавляемой генерал-майором князем К.Э. Ухтомским. По делу проходило более 250 человек. Среди 58 человек, расстрелянных в ростовской тюрьме в октябре 1921 г. по этому делу, погибли два священника Донской и Новочеркасской епархии. Одновременно активно шёл процесс передачи церковной собственности государству и заключения договоров между приходскими общинами и государством о бессрочном и бесплатном использование храмов и «культового имущества», к августу 1921 г. почти все общины заключили такие договоры. В начале 1920 гг. был закрыт Старочеркасский монастырь, в постройках которого первоначально разместилась трудовая детская коммуна, в 1922 г. на территории обители был основан музей имени Степана Разина. В том же году прошли массовые аресты священнослужителей епархии в ходе общероссийской кампании по изъятию церковных ценностей. По сведениям Донского губотдела ГПУ от 11 июля 1922 г., из храмов области было изъято около 990 пудов серебра, более 25 фунтов золота, 2085 бриллиантов, 6313 алмазов, 2620 изумрудов, более двух пудов жемчуга и др. При этом в августе 1922 г. Донской областной комитет РКП(б) не дал разрешения на регистрацию обществ помощи голодающим (братств, попечительств). В 1922 г. епархиальный совет Донской и Новочеркасской епархии признал обновленческое Высшее церковное управление (ВЦУ) и образовал епархиальный комитет ВЦУ, одним из активных деятелей которого стал член поместного Собора 1917–1918 гг. священник Василий Иванович Кожин (впоследствии митрополит Ермоген). 19 июля 1922 г. ВЦУ уволило на покой митрополита Митрофана (Симашкевича), по-видимому, не присоединившегося к обновленчеству. В 1923 г. митрополит Митрофан был арестован и сослан, вернулся в епархию в начале 1925 г.