С первых же дней установления власти большевиков в крае начались репрессии против духовенства. 25 февраля 1918 г. был арестован архиепископ Митрофан, обвинённый в поддержке казачьего правительства, через десять дней был признан невиновным и освобождён. 25 февраля был подвергнут домашнему аресту епископ Ермоген, после освобождения был вынужден скрываться, опасаясь расправы. Власти распространяли антицерковные листовки, в которых духовенство называлось «пособниками угнетения народа», в крае шли грабежи, прежде всего, православных храмов. Архиепископ Митрофан в письме патриарху Тихону описал разграбление крестовой церкви Донского архиерейского дома: «Из этого храма разбойники унесли две дароносицы с запасными Святыми Дарами, звездицу, два антидорных блюда и взломали все кружки. Покровы на престоле Преображенского придела были разорваны. Сосуды со святым миром были разбиты. Миро разлито и растоптано ногами по полу в ризнице, в алтаре и церкви. Частицы св. мощей были разбросаны и залиты святым миром». Подобным же образом был разграблен и Вознесенский войсковой собор. О насилиях над церковью на Дону архиепископ Митрофан писал также Константинопольскому патриарху Герману V (1913–1918 гг.): «Там, где в пределах Всевеликого войска Донского были или находились большевики, там всюду полное разрушение жизни, обращённое, прежде всего, на православных пастырей и православную Церковь. Святые храмы или разорены, или осквернены, или поруганы. Святыни православные подверглись и подвергаются всяческому кощунству... Над пастырями Церкви Донской производятся всякие издевательства и насилия... вплоть до мучений, напоминающих собою страдания первых христиан... Таких пастырей Донская Церковь насчитывает до сего времени почти до полусотни, о многих мучениках-пастырях ещё не собраны сведения ввиду разобщённости целой половины епархии с г. Новочеркасском, столицей Всевеликого войска Донского». В марте 1919 г. Донской епархиальный совет сообщил о гибели от рук большевиков 16 священнослужителей Донской и Новочеркасской епархии, одним из них был Николай Попов. С августа 1918 г. по март 1920 г. вся область Войска Донского контролировалась войсками белых: до июля 1919 г. – казачьими частями генерала Петра Николаевича Краснова, затем Вооружёнными силами Юга России. В приказе генерала П.Н. Краснова по Всевеликому войску Донскому от 4-7 мая 1918 г. архиепископу Митрофану предписывалось: «Созвать Собор духовенства и пригласить на него старообрядческих священников и буддийских гилюнгов и выработать закон об устройстве быта духовенства и причта, и о безвозмездном исполнении богослужений и треб, и о благолепном служении в храмах независимо от усердия прихожан». В основном законе Всевеликого войска Донского, принятом на «круге спасения Дона» 4 мая 1918 г. и подтверждённом на круге 15 сентября того же года, в разделе «О вере» записано: «Первенствующая в Всевеликом войске Донском есть вера христианская православная. Все принадлежащие к православной вере граждане Всевеликого войска Донского, а также проживающие в пределах войска пользуются каждый повсеместно свободным отправлением их веры и богослужения по обрядам оной».