19-24 мая 1919 г. в Ставрополе по инициативе протопресвитера Добровольческой Армии Георгия Шавельского под председательством архиепископа Митрофана состоялся Юго-Восточный русский церковный Собор, на котором было сформировано Временное высшее церковное управление на Юго-Востоке России (ВВЦУ ЮВР). До возвращения из австрийского плена Киевского митрополита Антония (Храповицкого) председателем ВВЦУ ЮВР являлся Донской архиепископ Митрофан. Собор наделил ВВЦУ ЮВР всей полнотой церковной власти (кроме награждения архиереев) впредь до восстановления связи с патриархом Тихоном, когда ВВЦУ ЮВР должно было сложить свои полномочия и самораспуститься. На Соборе было принято решение о преобразовании Приазовского викариатства Екатеринославской епархии в Ростовскую и Таганрогскую епархию, которую возглавил епископ Аресений (Смоленец). Заседания ВВЦУ ЮВР проходили в Екатеринодаре (5 июня – 6 июля 1919 г.), в Новочеркасске (18-20 июля и 23-24 августа) и в Таганроге (7-10 августа). В конце декабря 1919 г. (или в январе 1920 г.) ВВЦУ ЮВР переместилось в Новороссийск, оттуда в Севастополь. Епархиальная жизнь в 1919 г. была достаточно активной. 4 июня указом Донского епархиального совета причтам епархии предписывалось составить акты ущерба, нанесённого храмам большевиками. 24 июня был торжественно отмечен 200-летний юбилей старочеркасского Воскресенского собора. 1 сентября 1919 г. Аксайский епископ Ермоген в сослужении духовенства освятил в Новочеркасске, на месте расстрела большевиками в феврале 1918 г. атамана Анатолия Михайловича Назарова, председателя войскового круга Евгения Андреевича Волошинова и других офицеров, площадку под постройку храма в честь иконы Божьей Матери «Нерушимая Стена» («храм спасения Дона»). 17 июля заседал Донской миссионерский комитет, постановивший открыть в наиболее крупных населённых пунктах епархии «чтения применительно к требованиям современности». Председатель комитета, ректор Донской духовной семинарии архимандрит Григорий подчеркнул, что главной задачей миссионеров должна стать не борьба с сектами и со старообрядчеством, а усиление «религиозно-нравственного просвещения народа». В сентябре на епархиальном собрании был заслушан отчёт о деятельности Донской епархиальной типографии, принято постановление об издании и о распространении среди народа листков религиозно-нравственного содержания, составление которых было поручено Аксайскому братству. 23 сентября обсуждался и был отклонён как несвоевременный проект создания самостоятельного викариатства, во главе с епископом Ермогеном (Максимовым) или отдельной епархии на севере Донской области. В 1918–1919 гг. в Новочеркасске были созданы братства Святого Креста и Благовестническое (одной из задач последнего было проведение религиозно-нравственных чтений для интеллигенции). В конце 1919 г. началось наступление Красной Армии на область Войска Донского, 7 января 1920 г. был взят Новочеркасск, в марте большевики заняли весь край. 25 марта область Войска Донского была упразднена, большая часть её территории составила Донскую область с центром в Ростове-на-Дону.