Патриарх обрушился на Уложение 1649 г., несмотря на то, что в своё время, будучи Новгородским митрополитом, подписал этот документ. Особо патриарх критиковал созданный в соответствии с Уложением Монастырский приказ, в ведении которого, в частности, находился суд над духовенством по всем делам. С течением времени патриарх Никон всё более резко выступал против вмешательства светской власти в дела церкви, во многом, действительно, нарушавшего церковные каноны. В декабре 1665 г., предчувствуя возможность суда, Никон отправил письма восточным патриархам с изложением своей позиции. Письма были перехвачены царскими чиновниками и в 1667 г. прочитаны на Соборе. Известно содержание одного послания – к Константинопольскому патриарху Дионисию IV Муселиму (1671–1673, 1676–1679, 1682–1684, 1686–1687, 1693–1694 гг.). Никон писал о вмешательстве царя в церковный суд, с осуждением высказался о создании Монастырского приказа, где духовных лиц судят миряне, обвинял Алексея Михайловича в том, что он назначает архиереев на кафедры, церковные владения облагает тяжёлым налогом (царь на Соборе отклонял эти обвинения). В свою очередь, умножались и обвинения в адрес Никона со стороны представителей царя: патриарха обвиняли в гордыне, клевете на царя и царскую власть. В этой ситуации царь принял решение вести переговоры с восточными патриархами об их участии в суде над Никоном и поставлении нового Московского патриарха. Однако для большинства греческих иерархов Никон был иерархом, который согласовал российскую обрядность с греческой, поднял авторитет греческой церкви в России, поэтому патриархи с неохотой отзывались на призывы осудить Никона. В 1664 г. Иерусалимский патриарх Нектарий Критянин (1661–1669 гг.) в письме Алексею Михайловичу советовал звать Никона обратно на престол. Наконец, в 1665 г. царским послам удалось договориться с восточными патриархами об участии в Соборе, на котором должен был состояться суд над Никоном. Поначалу согласившись, Иерусалимский патриарх Нектарий вскоре изменил своё решение, ссылаясь на трудности пути (из Иерусалимской и Константинопольской патриархий в Москву должны были приехать представители). В феврале 1666 г. по грамотам государя в Москву съехались все русские архиереи и видные представители духовенства. В работе первого этапа Большого Московского собора участвовали митрополиты Питирим Новгородский, Лаврентий Казанский, Иона Ростовский, Павел Крутицкий, митрополит при московском Архангельском соборе Феодосий, ранее епископ Сербской церкви; архиепископы Симон Вологодский, Филарет Смоленский, Иларион Рязанский, Иоасаф Тверской, Арсений Псковский, а также епископы, архимандриты, игумены крупнейших монастырей, другие духовные лица. В отсутствие представителей греческих церквей участники Собора не занимались разбором «дела Никона», уделив главное внимание разработке мер по прекращению раскола. Для того чтобы заручиться поддержкой участников Собора, царь предложил всем архиереям письменно дать ответы на три вопроса: являются ли греческие патриархи (Константинопольский, Александрийский, Антиохийский и Иерусалимский) православными; достоверны ли используемые в греческих церквах рукописные и печатные богослужебные книги; является ли правильным Московский собор, бывший в 1654 г. в царских палатах при патриархе Никоне? К концу февраля царь получил подписанные всеми русскими архиереями ответы, в которых говорилось, что греческие патриархи, греческие книги и церковные чины являются православными и священными, а Московский собор 1654 г., объявивший о реформе, – законный; следовательно, его постановления обязательны для всех православных русских людей. К началу Собора в Москву были привезены из ссылки старообрядцы, наиболее активно выступавшие против реформы: протопоп Аввакум, диакон Фёдор Иванов, священник Лазарь, Спиридон Потёмкин (старец Ефрем), Григорий Неронов (в миру Иван), несколько соловецких старцев, среди них Герасим (Фирсов), бывший архимандрит Саввино-Сторожевского монастыря Никанор и др., всего 18 человек. Царь поставил задачу не осудить, а переубедить противников, склонить их к принятию реформ.