К середине 1660 гг. старообрядцы открыто называли царя антихристом, «пастырей всех церковных в архиерейском сане нарицая отступников», отказывались принимать у священников-«никониан» причастие, посещать храмы. Другой не менее важной и насущной задачей являлась необходимость вынести церковный суд действиям патриарха Никона, в июле 1658 г. из-за личного конфликта с царём оставившего патриаршую кафедру, и избрать нового Всероссийского патриарха. После отъезда Никона из Москвы Местоблюстителем патриаршего престола по воле царя стал Новгородский митрополит Питирим, однако Никон, живший в Новоиерусалимском Воскресенском монастыре, не считал возможным уступить какое-либо управление Русской церковью. В 1659 г. Никон анафематствовал митрополита Питирима, совершившего в Вербное воскресенье «шествие на осляти», что, по его мнению, было прерогативой патриарха (хотя сам он совершал этот обряд, будучи Новгородским митрополитом). Последовала короткая сердитая переписка между патриархом и царём, в результате которой Никону было запрещено вступаться в архиерейские дела. После этого события впервые было принято решение о созыве Собора для избрания нового патриарха. Собор открылся 16 февраля 1660 г. До 27 февраля составляли выписки из канонических правил, которые могли послужить обоснованием для лишения Никона патриаршего сана. Отцы Собора предложили считать его чуждым архиерейства, чести и священства. Соборный акт поручили написать русскому и украинскому писателю и учёному, иеромонаху Епифанию (Славинецкому), но он заявил, что не согласен с решением Собора, поскольку российские архиереи, как стоящие ниже патриарха, судить его не могут. Единственное, что они вправе сделать, – это выбрать нового патриарха при условии добровольного ухода Никона с престола. Никон же посчитал неканоничным как сам факт созыва Собора, так и его постановления. Он основывался в том мнении, что патриарх не подлежит суду своих епископов, а сами епископы, собравшись по приказу царя, нарушили данную ими при поставлении присягу ничего не совершать без согласия патриарха. Решительная позиция Никона, аргументы в его пользу, изложенные Епифанием, колебания части епископов и самого царя заставили отложить принятие соборного решения. Началось изучение вопроса, и 14 августа 1660 г. было принято сложно сформулированное постановление о необходимости избрания нового патриарха. Богословы утверждают, что мнение патриарха Никона и Епифания о неподсудности патриарха Собору подчинённых ему епископов противоречит канонам православной церкви, в соответствии с которыми судебной инстанцией, призванной рассматривать канонические и догматические отступления в деятельности патриархов, является Архиерейский Собор поместной церкви (епископ Никодим (Милаш),  Правила). Представление об особой «благодати» патриаршего сана, по-видимому, было свойственно русскому обществу в целом и основывалось на обычае повторения архиерейской хиротонии при возведении на патриарший престол, прекратившемся после Никона. Безусловно обоснованной и соответствующей канонам и условиям церковной жизни своего времени исследователям представляется позиция царя Алексея Михайловича, предпринимавшего усилия для упорядочения расстроенного высшего церковного управления. В толковании византийского канониста, Антиохийского патриарха (1193–1199 гг.) Феодора Вальсамона на 12-е правило Антиохийского собора об участии царя в церковных делах сказано, что «Патриарх может быть судим царём как блюстителем Церкви». Однако отсутствие переводов соответствующих толкований на церковнославянский язык, а также прецедентов в русской церковной жизни делало создавшуюся ситуацию трудноразрешимой. После оставления патриаршего престола Никон обсуждал условия своего ухода с патриаршества, требовал льгот и привилегий, приводил в подтверждение своей правоты посещавшие его видения. Особой остроты конфликт достиг в 1662 г., когда Никон отвечал на вопросы боярина Семёна Лукьяновича Стрешнева (ум. в 1666 г.).