В это же время были предприняты первые попытки реформы ордена «снизу». Её инструментом выступали преимущественно конгрегации, объединявшие вокруг главного монастыря бенедиктинцев, в основном, одной «нации»: в Италии конгрегация Санта-Джустина в Падуе (с 1419 г.), Кассинская конгрегация (с 1505 г.); в Испании конгрегация Сан-Бенито в Вальядолиде (с 1489 г.); в Северной Германии Бурсфельдская конгрегация (с 1446 г) и выступавшие за восстановление киновий и закрытости монастырей бенедиктинцев от мира. Главным объектом критики стали сословная замкнутость бенедиктинцев и, как следствие, опустение их обителей. Так, в аббатстве Санкт-Галлен к 1411 г., после кончины аббата Куно фон Штоффельна, жили только два монаха, один из которых был «избран» аббатом. Богослужебные обязанности при этом перекладывались на так называемых капелланов, обычно нищенствующих в прошлом монахов или клириков, не имевших достаточных средств к существованию. Реформаторы бенедиктинского монашества в XV в. стремились вернуть монастыри, бывшие, по их словам, «приютами для знати» («xenodochia nobilitatis»), к первоначальным идеалам монашеского общежития и к так называемой бенедиктинской беспристрастности (indifferentia benedictina), согласно которой одно лишь стремление следовать Христу служит критерием приёма в монастырь. Однако даже реформаторски настроенные бенедиктинцы Майнцского и Бамбергского епископств на капитуле 1417 г. выработали лишь компромиссное решение: община должна принимать людей любого звания и состояния лишь в том случае, если ощущается недостаток в кандидатах знатного происхождения. С переменами в религиозном сознании в XVI в., его рационализацией, распространением идей Реформации отмечается постепенный упадок монашества, в том числе и бенедиктинцев, которые оказываются на периферии духовной жизни. Большое влияние приобретают новые ордена (иезуиты, варнавиты, театинцы и др.), почти полностью отказавшиеся от киновии и затворничества. Упадку бенедиктинства способствовала также критика характерных для позднего Средневековья форм благочестия (Ж. Жерсон, Н. де Кламанж, Пьер д'Айи). В XVI в. апогея достигает критика почитания святых, ознаменовавшаяся в реформированных странах уничтожением предметов, связанных с их почитанием, запретом их праздников, молитв о заступничестве, паломничеств и процессий, разгромами церквей. В ходе Реформации были упразднены многие бенедиктинские монастыри в Германии (почти 2/3 Бурсфельдской конгрегации), к 1540 г. – все бенедиктинские монастыри в Англии; во Франции по Болонскому конкордату (1516 г.) назначение аббатов перешло к королю, многие монастыри были уничтожены в ходе религиозных войн (1562–1594 г.). Тридентский собор (1545–1563 гг.) дал импульс образованию новых конгрегаций бенедиктинцев: выходцы из образовавшейся в Португалии Лузитанской конгрегации (1566 г.) основали первые бенедиктинские монастыри в Америке (Бразилия, с 1582 г.). Во Франции наибольший вес имели появившиеся в начале XVII в. конгрегации ваннистов и мавристов и др., которым удалось возродить традиции бенедиктинской учёности. Период XVII – начала XVIII в. исследователи считают эпохой нового расцвета бенедиктинцев, идеал которых (уединение, чередование богослужения и интеллектуальных занятий) находил немало приверженцев, являясь альтернативой активному пастырскому служению в миру новых орденов (например, иезуитов). В этот период в основном в Южной Германии, Австрии и Швейцарии возводятся великолепные монастырские ансамбли в стиле барокко. Успех идеологии Просвещения, Французская революция и наполеоновские войны привели к секуляризации и уничтожению монастырей бенедиктинцев. Во Франции первые монастыри были упразднены в 1766 г. (полностью в 1792 г.), в Австрии частично при императоре Иосифе II (1765–1790 гг.), в Германии – в 1803 г., в Португалии – в 1834 г., в Испании – в 1835 г. В начале XIX в. бенедиктинцы переживали наибольший упадок: сохранились лишь отдельные обители в Италии, Австрии и Швейцарии.