С принятием Закона РФ «О свободе совести и о религиозных объединениях» от 26 сентября 1997 г. начинается очередной этап в становлении российской государственной политики в отношении религиозных объединений. Длительный законотворческий процесс имел одним из своих последствий активизацию субъектов РФ в части принятия своих (т.е. региональных) законов о религиозных объединениях. На местах все больше осознавали неэффективность Федерального закона о свободе вероисповеданий, неспособность Государственной Думы исправить положение. И вряд ли можно было соглашаться с обвинениями в так называемом «религиозном сепаратизме» и т.п. высказываниях в адрес этих законов.

Закон «О свободе совести и о религиозных объединениях», явившийся плодом компромисса между различными общественными движениями и конфессиями, не был свободен от противоречий и двусмысленности отдельных положений и не оказал определяющего влияния на религиозную обстановку в стране, дал возможность использовать его во вред поступательному развитию отношений государства и конфессий. Хотя традиционные религиозные институты не получили каких-то ощутимых выгод и льгот, однако отсутствие четкого контроля за исполнением Закона позволило часто подменять его требования соображениями «целесообразности» в интересах той или иной религиозной организации. Очень часто в качестве экспертов, консультантов по вопросам государственно-конфессиональных отношений местные органы власти привлекали представителей религиозных организаций, которые вряд ли могли быть беспристрастными в решении проблем. Но государство фактически самоустранилось от контроля за теми вопросами в деятельности религиозных организаций, которые должны находиться в сфере его интересов. Например, расходование бюджетных и иных государственных средств, выделяемых на нужды религиозных организаций, сохранность движимого и недвижимого имущества и т.п. Во многом Закон вместо укрепления правовых начал внес смуту в общество, привел к укреплению прав только верующих, вызвал недоверие граждан к власти.

Перечисление в преамбуле Закона традиционных религий и конфессий было воспринято на местах как основание считать все иные конфессиональные образования «сектами», со всеми вытекающими отсюда негативными для них последствиями. В СМИ появились сразу же материалы в отношении так называемых нетрадиционных религий, оскорбляющие чувства верующих.

Особенно важны интересы государства и религиозных организаций в сфере образования, поскольку именно здесь формируются и будущие члены религиозных объединений, и будущие граждане. Знания, мировоззрения, которые будут заложены в обучаемых, впоследствии окажут сильное влияние на политические и иные процессы в обществе, в том числе – определять отношение государства к религии. Поэтому и государство, и религиозные организации стремятся закрепить свои позиции в сфере образования. Активность конфессий связана преимущественно с коллективным отправлением культа, что обусловлено и сохраняющимися светскими традициями, при которых религиозные организации находились на обочине социальной жизни, и принципом отделения их от государства, и слабостью, в том числе кадровой, финансовой и организационной, самих религиозных структур.