Пользуясь защитой ст. 44 Конституции РФ, новые религиозные организации и миссионерские структуры нередко применяли особую психотехнику, оказывающую разрушающее воздействие на личность, распространяя ненависть и вражду к тем, кто не разделял их воззрений, что в конечном итоге усилило нестабильность, вело к конфронтации на «религиозной почве» как в отдельных субъектах федерации, так и в России в целом.

Ситуация усугублялась тем, что при отсутствии государственного органа, ведающего так называемым «церковным вопросом», тщетными были усилия планомерно вводить в жизнь заявленные в Законе о веротерпимости положения, обеспечить взаимодействие властных структур и религиозных организаций. Вместо системного подхода имел место поток зачастую не связанных между собой указов, распоряжений Президента и постановлений Правительства по отдельным проблемам жизнедеятельности религиозных организаций. Не были прояснены ни стратегические, ни тактические цели государства. Отсутствие нового видения модели «церковной политики», соответствующей потребностям общества, предопределило заимствование принципов и практических шагов из дофевральского (1917 г.) прошлого России и в первую очередь – возрождение так сказать «особых» отношений государства с Русской Православной Церковью. Это было воспринято другими регионами как рецидив «имперской политики», как вольное или невольное намерение восстановить институт государственной религии, как навязывание гражданам новой обязательной идеологии – православной.

Немалую роль здесь сыграли и просчеты в вероисповедной политике государства, под чьей защитой должны находиться не только территория, недра, водное и воздушное пространство, но и веками складывающееся так называемое «духовное пространство». Для народов России существенную роль в этом играют национальные религии и Церкви. Однако формы поддержки государством национальных религий не могут и не должны сводиться к запрету и всемерному ограничению деятельности иных конфессий, к созданию препятствий на пути мировоззренческого диалога так сказать «своих» и «чужих» граждан, к взаимному культурному (в том числе и религиозному) общению российских и других народов. Усилия государства целесообразно направлять на создание условий, при которых каждый может приобщиться к национальной культуре, ощутить себя ее частицей. Эта деятельность государства, опирающаяся на общественные объединения (различных видов и направлений), на своих граждан, и создает своеобразный, национальный иммунитет, когда при самых разнообразных контактах с иными культурами человек остается как бы «частицей» своей национальной культуры, хранит и развивает ее.

Именно с этих позиций выступила Русская Православная Церковь, заявив о себе как о защитнице интересов общества, в определенной степени дистанцировавшись от государства из-за последствий его политики в решении так называемого «религиозного вопроса». В эти годы православие в России выступает с националистических позиций, сделав синонимами слова «русский» и «православный». Провозгласив тезис «Если Церковь отделена от государства, то это вовсе не означает, что она отделена от общества», Русская Православная Церковь заявила, что в России 80% населения – русские, значит и православных 80%, и потому вполне закономерно считаться с ней как с представительницей большинства граждан страны, а фактически – всего российского общества.