И если православие выступает от имени всего общества, то оно не может стоять в стороне от социальных проблем, т.е. бездуховности, беспризорности, нищеты подавляющей части населения страны, роста преступности (в том числе – детской). Но надо лечить не симптомы социальных болезней, а их причины, которые кроются в неправильном воспитании детей и молодежи. А для этого, по утверждению иерархов и рядовых верующих, необходимо обратиться к богатому духовному наследию православных традиций, изменить «Закон об образовании», включить в учебные программы «Закон Божий» и другие вероучительные дисциплины. Патриарх Московский и всея Руси Алексий II призвал верующих идти в мир, как шли в мир апостолы, нести людям слова истины, требовать возвращения Церкви отнятых у нее материальных ценностей, т.е. храмов, икон и предметов культового назначения, находящихся у государства. Было принято решение о расширении миссионерской деятельности РПЦ, создан Миссионерский отдел в аппарате Московского патриархата, одним из главных направлений в деятельности которого считалось образование. Для решения этой задачи посчиталось целесообразным идти на любые компромиссы с любой администрацией, открывать православные воскресные школы и гимназии, сделать все возможное, чтобы изменить содержание учебников и учебных пособий, написанных с атеистических позиций, написать и издать свои, в которых полнее отражалось бы то культурное наследие, которое несла Русская Православная Церковь. Фактически РПЦ стремилась продемонстрировать обществу и государству свою идеологическую мощь, имеющую богатое духовное наследие.

Однако в этот период РПЦ испытывала острую нехватку кадров даже для собственных нужд. Темпы строительства и реставрации храмов опережали темпы подготовки для них священнослужителей, поэтому были рукоположены сотни выпускников светских вузов, прошедших катехизаторские курсы. Уступая требованиям верующих и желая исправить негативные последствия непродуманной политики, государство с легкостью отдавало в пользование Церкви памятники культуры, не всегда считаясь с мнением специалистов. А Церковь не всегда имела возможность для сохранения этих памятников. Различия в оценках церковного искусства светскими и религиозными деятелями служили идеологическим основанием церковно-музейного противостояния. Чтобы хоть как-то урегулировать этот процесс, в марте 1994 г. между Министерством культуры России и Московским патриархатом было заключено Соглашение о сотрудничестве в целях возрождения России, исходя из необходимости восстановления культурно-исторической преемственности в жизни российского народа.

Это Соглашение оказалось необходимым в условиях первых лет работы по передаче РПЦ ранее находившихся в ее распоряжении ценностей, но всех проблем оно не решало. Процесс шел сложно и противоречиво, не всегда стороны учитывали интересы друг друга. Органы власти признавали, что возвращение религиозным организациям ранее принадлежавшего имущества – акт исторической справедливости, однако это не должно оборачиваться несправедливостью по отношению к самим учреждениям культуры. Московский патриархат после выхода Распоряжения Президента РФ о передаче религиозным организациям культовых зданий и иного имущества поставил вопрос о передаче, в первую очередь, именно музейных комплексов, потому что они отреставрированы, находятся в хорошем состоянии, их использование в богослужебных целях не требует значительных материальных затрат.