Первоначально на эти органы, преобразованные в 1964 г. в Совет по делам религий при Совете министров СССР, возлагалась задача оказания содействия религиозным объединениям в их патриотической и миротворческой деятельности. Однако вскоре оба Совета и их уполномоченные фактически превратились в средство государственного контроля за религиозной жизнью. Согласно «Положению об управлении Русской Православной Церкви», все вопросы церковного управления патриарх обязан был согласовывать с Советом, а правящие архиереи – с уполномоченными на местах. Принятие решений по вопросам религиозной жизни было жестко централизовано – на местах власти могли лишь отказать общине в просьбе об открытии храма, тогда как для положительного решения требовалось согласие Совета по делам Русской Православной Церкви.

Сложившаяся в период войны модель вероисповедной политики сохранилась и в первые послевоенные годы. Русская Православная Церковь и другие религиозные объединения рассматривались руководством страны как серьезный внешнеполитический инструмент, призванный помочь в установлении контроля за Восточной Европой, противодействия Ватикану и оказания влияния на русскую эмиграцию. Первым шагом, сделанным государством в рамках нового этапа религиозной политики, стало настойчивое и спешное восстановление международных контактов Московской патриархии, ликвидированных в 1930-х гг. Процесс восстановления внешних связей стал интенсивным к концу войны, что свидетельствовало о глубокой политизации этой сферы церковной деятельности. В январе 1945 г. на Поместный Собор, на котором патриархом был избран митрополит Ленинградский Алексий (патриарх Сергий скончался в мае 1944 г.), съехались представители восьми автокефальных Церквей.

К концу 1940-х гг. внешнеполитическое значение Церкви в условиях нарастающей глобальной конфронтации с Западом заметно снизилось. С одной стороны, не получилось создания под эгидой Московской патриархии всемирного антипапского движения христианских Церквей, а с другой – в Восточной Европе утвердились режимы «народной демократии», сделавшие излишней просоветскую миссию Церкви в этом регионе. В результате в 1948 г. поступательное развитие государственно-правовых отношений приостановилось, что совпало с наметившейся общей линией на ужесточение репрессий против инакомыслия и попыток вести конструктивный диалог мнений. В идеологическую работу партийных органов возвращались стереотипы и догмы антирелигиозной кампании 1930-х гг., легко воспринимавшиеся воспитанным на них рядовым партийно-советским активом.

В результате в сентябре 1948 г. было принято секретное постановление ЦК ВКП(б) «О мерах по усилению антирелигиозной пропаганды», утверждавшее, что «изменение отношения духовенства к Советскому государству не может изменить реакционного существа религиозной идеологии». Следствием этого стало то, что рост численности религиозных объединений приостановился. После смерти Сталина в государственном и партийном аппаратах произошла переориентация в отношении к религиозному вопросу. Если для Сталина и Молотова в церковной политике не требовалось санкций партийных органов, и в общении с религиозными объединениями они подчеркнуто выступали от имени государства, то с 1954 г. вопросы церковной политики постепенно переместились в сферу партийного влияния и стали увязываться с целями и задачами «антирелигиозной работы».