Упразднение Советов как органов «атеистической, партийной диктатуры» стало одним из их требований. В канун выборов в Верховный Совет РСФСР и местные органы власти практически все участники политической борьбы, стремясь приобрести как можно больше сторонников, обещали в случае победы «полную религиозную свободу». Общественное сознание в некоторой степени было предрасположено к таким обещаниям. Вновь сформированный Верховный Совет РСФСР рассмотрение вероисповедных вопросов поручил Комитету по вопросам свободы совести, вероисповедания, милосердию и благотворительности, состоявшему в основном из представителей конфессий христианско-демократического движения.

Так называемый «парад суверенитетов», прокатившийся по России в начале 1990-х гг., кроме прочего, привел к тому, что правящие элиты «неправославных» регионов достаточно откровенно продемонстрировали стремление опереться на традиционные для них конфессии, в частности ислам. И если развал СССР в декабре 1991 г. наметил разъединение славянских народов, традиционно исповедовавших православие, то последующие события надломили второй исторический «хребет» российского государства – союз «православных» и «мусульманских» народов. Верующие неправославных исповеданий болезненно восприняли нарушение принципа правового равенства религий, зафиксированное в Законе о свободе совести. Боязнь возрождения не лучших традиций царской России (т.е. деления религий на господствующую, терпимые и гонимые) присутствовала в публичных выступлениях руководителей и представителей ряда Церквей и деноминаций. На этой почве возрождались трения, казалось бы, навсегда ушедшие в прошлое, возникали новые. Нерелигиозная часть общества также испытывала дискомфорт. Религиозная свобода, зачастую трактуемая как право на никем и ничем не контролируемую деятельность, воспринята была ими как агрессия, насилие над их совестью. Возникло мнение, что российское общество искусственно клерикализуется. Симптомы этого явления отчетливо прослеживались в армии, в СМИ (особенно на ТВ), в сфере образования и культуры, в органах государственного управления.

На начало 1993 г. деструктивные тенденции в государственно-конфессиональных отношениях стали очевидными. Они проявлялись, в частности, в следующем: стихийное вторжение так называемых новых, нетрадиционных религий; массированная атака иностранных религиозных миссий на традиционный духовный (т.е. христианско-православный, мусульманский и буддистский) менталитет российских народов; политизация религии и сакрализация политики государства и его институтов; разрыв (или ослабление) дружественных связей между различными конфессиями и межконфессиональные трения; конфликтные ситуации в некоторых религиозных центрах и обострение внутрицерковной борьбы; ущемление интересов и прав (в том числе – имущественных) рядовых верующих в пользу церковной бюрократии; неуправляемое перераспределение религиозных (местных) обществ; падение авторитета отдельных российских религиозных организаций на международной арене; дискриминация атеистов.