С весны 1993 г. на федеральном уровне наблюдается стремление избежать неблагоприятного развития ситуации, выйти на новый уровень конструктивного диалога со всеми религиозными объединениями. Б. Ельцин встретился с главами и представителями Церквей и деноминаций. Он продемонстрировал заинтересованность государства в диалоге и партнерстве со всем спектром религиозных объединений, исходя их конструктивного принципа равенства религиозных объединений перед Законом; заверил собравшихся в непременной ликвидации допущенных ошибок со стороны органов власти; информировал о намерении создать в аппарате Правительства орган, ведающий проблемами реализации свободы совести в жизни российского общества.

Б. Ельцин дважды отказывался подписать принятый Верховным советом «Закон о свободе вероисповеданий», ссылаясь на то, что он нарушает принцип равенства религиозных объединений перед Законом, а также существенно сужает права лиц, не являющихся гражданами России, заниматься публичной религиозной деятельностью, т.е. противоречит Конституции РФ и общепринятым международным правовым пактам о свободе совести, которые были подписаны Россией.

Таким образом, вопрос об изменении законодательства о свободе вероисповеданий завис в воздухе. Силовое решение конфликта законодательной и исполнительной ветвями власти осенью 1993 г. отодвинуло на неопределенный срок надежды на конструктивное изменение правовых основ вероисповедной политики государства. К тому же, приблизился к логическому завершению и процесс конституционного строительства. Новая Конституция РФ в целом провела разграничение прав и свобод человека и гражданина, имея в виду, что в полном объеме они присущи лишь гражданину. Однако оставалось неясным соотношение объема прав и свобод в сфере свободы совести и вероисповедания применительно к «гражданину» и «человеку», при этом имелся в виду иностранный гражданин или лицо без гражданства. Полного равенства здесь быть не может, и в реальной практике его нигде нет. Ограничения для иностранных граждан и лиц без гражданства оправданы и объективно необходимы. Но касаться они должны не личной (т.е. частной) жизни человека, а исключительно условий, порядка образования и деятельности религиозных объединений, их территориального рассредоточения и вовлечения в такие направления государственной политики, как образование, культура, армия, социальная деятельность, здравоохранение и т.д. Иностранные религиозные организации (т.е. представительства, миссии, центры и т.п.) могли рассматриваться лишь как официальные представители Церквей (конфессий, деноминаций, центров), имеющих организационные и управленческие центры за пределами РФ. Соответственно, их деятельность должна была определяться на особом правовом уровне, в том числе и посредством заключения договоров между РФ и той или иной религиозной организацией (будь у них статус «мировой» или «национальной»).

В результате сложилась противоречивая ситуация. С одной стороны, налицо было продвижение вперед, т.е. тысячи культовых зданий переданы верующим, открыты двери десятков монастырей, духовных учебных заведений, религиозных центров, братств и миссий. С другой стороны, начался буквально взрывной рост новообразований, не имеющих аналогов в прошлом России, бесконтрольный въезд в Россию десятков тысяч миссионеров и проводников самых различных ориентаций. Немалая часть их действовала без регистрации.