Итогом работы Особого совещания Комитета министров и председателей департаментов Государственного совета стал указ от 17 апреля 1905 г. «Об укреплении начал веротерпимости», согласно которому в отдельных случаях было разрешено возвращение из православия в исповедания лицам, которые принадлежали к ним по рождению, до присоединения к православной церкви. Существенно расширились права старообрядческих общин, было разрешено преподавание Закона Божия не только на русском, но и на других языках. В июле 1905 г. С.Ю. Витте был направлен в качестве главы делегации в Портсмут (США) для ведения мирных переговоров с японскими эмиссарами; 23 августа мирный договор с Японией, по которому Россия передавала Японии Южный Сахалин, подвёл черту под Русско-японской войной. 18 сентября 1905 г. император наградил С.Ю. Витте титулом графа. В своей политической деятельности С.Ю. Витте пытался сочетать усвоенные в юности представления о самодержавии как «о вековом устое нашей истории» с прагматическими соображениями, что выражалось в лавировании между монархистами и либералами. В 1899 г. в полемике с министром внутренних дел Иваном Логгиновичем Горемыкиным С.Ю. Витте указывал на несовместимость выборного представительства с самодержавием, а в октябре 1905 г. убеждал императора, что «Россия переросла форму... империи и существующего строя», и сумел настоять на уступках общественному давлению ради сохранения самодержавия. В результате император Николай II 17 октября 1905 г. подписал манифест «Об усовершенствовании гражданского порядка», составленный С.Ю. Витте вместе с князем Александром Дмитриевичем Оболенским и Николаем Ивановичем Вуичем. Манифест провозгласил гражданские свободы (неприкосновенность личности, свободу совести, слова, собраний и союзов), внёс изменения в проектировавшуюся ранее систему выборов в Государственную думу (расширялся круг лиц с избирательными правами), признал Думу законодательным органом, без одобрения которого никакой закон не мог войти в силу. 19 октября была проведена централизация высшей исполнительной власти. 24 октября 1905 г. С.Ю. Витте был поставлен во главе Совета министров. Политика лавирования не принесла ему успеха. То, что он сумел настоять на принятии манифеста 17 октября 1905 г., окончательно оттолкнуло от него императора и правых монархистов. Принимая участие в подавлении революции 1905–1907 гг., С.Ю. Витте в то же время вёл активные переговоры с представителями русской либеральной общественности, надеясь на вхождение известных в либеральных кругах деятелей в своё правительство.