Митрополит Антоний составил записку «Вопросы о желательных преобразованиях в постановке у нас православной Церкви». В записке обосновывалась необходимость изменения государственной церковной политики, высказывалось желание получить возможность «пересмотра существующего церковного управления и... выработки проекта необходимых в нем преобразований». В связи с этим говорилось о необходимости даровать церкви автономию от государства, которое не должно вмешиваться во внутрицерковные дела, о возможности передачи решения некоторых вопросов из Синода в епархии, об участии иерархов и священнослужителей в общественных учреждениях, о юридических правах приходов, о праве церковных организаций (в том числе приходов) владеть собственностью. Инициатива С.Ю. Витте положила начало процессу обсуждения предполагаемых церковных реформ: в феврале 1905 г. он выступил с запиской «О современном положении православной Церкви» (считается, что записка была составлена для С.Ю. Витте профессорами Санкт-Петербургской духовной академии Алексеем Степановичем Павловым, Николаем Семёновичем Суворовым, Николаем Александровичем Заозёрским, Александром Александровичем Папковым и публицистом Львом Александровичем Тихомировым; по другим данным, её авторами являлись С.Ю. Витте и сотрудник канцелярии обер-прокурора Синода Фотий Николаевич Белявский). В записке утверждалось, что упразднение патриаршества и устранение принципа соборности из церковной жизни привело ко многим нестроениям. Составители документа подвергли анализу многие негативные явления церковной жизни: упадок приходской жизни, пастырства и проповеди, отход от церкви значительной части народа и интеллигенции, кастовую отчуждённость духовенства, необходимость для духовенства выполнять несвойственные ему функции контроля, рассмотрели проблемы духовной школы, наметили пути поиска приемлемой формы оплаты для священника. Авторы записки считали необходимым возродить практику регулярных церковных Соборов с широким участием в них мирян (идея соборности прямо связывалась с идеей представительства), вернуться к патриаршему управлению церковью. Синодальное управление подвергалось критике за то, что в нём «нет представительства от каждой епархии, нет представительства вообще». С.Ю. Витте настаивал на том, что духовенство может участвовать в работе правительственных учреждений на всех уровнях от волостного до Государственного советов и Комитета министров, церковное управление должно быть ограждено от контроля чиновников.