В период коронационных торжеств Николая II 14 мая 1896 г. С.Ю. Витте был пожалован в статс-секретари к Его Императорскому Величеству, 1 января 1899 г. получил чин действительного тайного советника. С.Ю. Витте ввёл в России государственную винную монополию (1894 г.), укрепил финансы, инициировав проведение денежной реформы на основе золотого обращения (1895–1897 гг.), стремился к привлечению в Россию иностранных капиталов. 22 января 1902 г. был назначен председателем «Особого совещания о нуждах сельскохозяйственной промышленности», выступал за уничтожение сословной обособленности крестьянства и за свободный выход из общины. Правительство не решилось тогда на реформу, 30 марта 1905 г. «Особое совещание» было закрыто. В конце XIX – начале XX вв. С.Ю. Витте много внимания уделял дальневосточной политике, стремился к сближению с Китаем, в начале 1900 гг. выступал также за соглашение с Японией (подписано в 1903 г.). 16 августа 1903 г. был отстранён от управления Министерством финансов, получив назначение на пост председателя Комитета министров. С.Ю. Витте участвовал в разработке указа 12 декабря 1904 г. «О предначертаниях к усовершенствованию государственного порядка», выступил против включения в закон пункта о привлечении выборных членов в Государственный совет. Инициировал обсуждение шестого пункта указа (о веротерпимости), для рассмотрения которого было организовано Особое совещание Комитета министров и председателей департаментов Государственного совета. Перед совещанием была поставлена задача пересмотреть «узаконения о правах раскольников, а равно и лиц, принадлежащих к инославным и иноверным исповеданиям». С.Ю. Витте считал, что недостаточно изменить правовое положение неправославных исповеданий и конфессий, должно быть улучшено также и положение православной церкви; полагал, что, поскольку церковь не отделена от государства, правительство обязано заботиться о её судьбе, и что будущее России зависит от возрождения живой и деятельной церкви (в «Воспоминаниях» С.Ю. Витте писал: «Не подлежит никакому сомнению, что православная Церковь и её служители сыграли в создании России, в особенности ее культуры, совершенно выдающуюся и исключительную роль, и до настоящего времени в высших сферах и, в сущности говоря, во всём народе России православная Церковь играет громаднейшую роль. С поколебанием православной Церкви будет колебаться вся жизнь народа, и в этом заключается едва ли не самая опасная сторона будущей исторической жизни России»). В начале 1905 г. С.Ю. Витте с согласия императора пригласил в Особое совещание Комитета министров Санкт-Петербургского и Ладожского митрополита Антония (Вадковского) и предложил ему обозначить наиболее актуальные и требующие обсуждения вопросы церковной жизни.