Между тем оппозиция папе продолжала расти. Рустик и Севастиан трубили по всему Западу, что папа своим писанием сделал нечто вредное Халкидонскому собору, что он проводит императорские воззрения. О том же повсюду говорили Факунд Гермианский и Датий Медиоланский, отправили императору послание в защиту «Трёх глав» иллирийские епископы, отлучив епископа первой Юстинианы – Бенената. Получалось, что уже не отдельные лица, а целые области начали отделяться из-за вопроса о «Трёх главах». При этом исходная точка споров была затемнена: оставалось неизвестным, какая из «Трёх глав» была наиболее важной. Её можно было бы уяснить, если бы африканские епископы относились к делу спокойно. Но для них было больно, что Феодор Мопсуэстийский, никем не судимый, был осуждаем. Юстиниан энергично занялся его осуждением, созвав в Мопсуэстии 7 июня 550 г. Собор для выяснения, как относится к Феодору Мопсуэстийскому сама Мопсуэстийская церковь. На нём были рассмотрены диптихи, в которых были записаны имена епископов Мопсуэстии, поминаемых в городе. Выяснилось, что монофизитская рука вычеркнула имя Феодора и поставила имя Кирилла, не известного Мопсуэстийской епархии, но, очевидно, епископа Александрийского. На Западе распространились слухи, что Вигилий сделал что-то недостойное, и ему присылали письменные вопросы. Кроме того, его «judicatum» встретил там и прямую оппозицию. Галлия и Скифия оказали ему сопротивление, а в Далматии просто не признали, в Иллирии отлучили из своей среды его ставленника. Африканские же епископы, собравшись в 550 г. под председательством Карфагенского епископа Репарата, постановили объявить, что Вигилий за свой «judicatum» лишается церковного общения, и довести это до сведения Юстиниана. Оппозицию в Иллирии и Африке император признал серьёзной и послал туда свой рескрипт. Новая стадия в ситуации выразилась в том, что Вигилий стал умолять Юстиниана возвратить ему «judicatum», т.к. в противном случае его влияние будет сведено к нулю, и он не будет в состоянии ничего сделать для умиротворения церкви. В 550 г. ему удалось это сделать, но всё-таки 15 августа того же года в присутствии патриарха Мины, Датия Медиоланского и многих других греческих и латинских епископов с него взяли письменную клятву содействовать осуждению «Трёх глав» на Соборе. Таким образом, император и папа пришли к соглашению: папа обещал содействовать стремлению Юстиниана, но взял с него обязательство, чтобы тот без соборного решения не предпринимал ничего против «Трёх глав». Теперь Вигилий начал свои шаги сначала. Прежде всего, нужно было сломить африканскую оппозицию. Юстиниан вызвал в Константинополь из Африки депутацию епископов, но их совещания с Вигилием ни к чему не привели: африканцы утверждали, что осуждение умерших будет несправедливостью. Поэтому против Репарата выступил сам Юстиниан, признав его недостойным Карфагенской кафедры на том основании, что будто бы по его вине в 545 г. был убит родственник Юстиниана Ареобинд. Факт был верный, но император мог бы и раньше позаботиться о низложении Карфагенского епископа. Поэтому для всех была очевидна интрига. Репарата сослали, а на его место назначили апокрисиария Примасия, который согласился на осуждение «Трёх глав». Однако африканские епископы составили ему оппозицию (на осуждение согласился также Фирм Нумидийский, но тот, возвращаясь на родину, умер). Таким образом, попытка папы Вигилия умиротворить Африку не удалась. В 551 г. один из выдающихся монахов-оригенистов Феодор Аскида, епископ Кесарии Каппадокийской, повёл новую интригу. Чтобы не было никакого сомнения относительно осуждения «Трёх глав», он предложил императору изложить своё исповедание веры, и Юстиниан поддался на эту удочку. Феодор Аскида написал «Исповедание веры» против «Трёх глав» с 13-ю анафематизмами, и Юстиниан стал рассылать это вероисповедание по церквам, а там соглашавшиеся с этим исповеданием стали развешивать его в храмах по стенам. Вигилий, протестуя против этого, добился позволения устроить новое совещание. Составилась новая конференция, на которой папа обратился к присутствующим западным и восточным епископам, чтобы они упросили Юстиниана взять назад своё вероисповедание и подождать, пока латинские епископы не выскажутся на Соборе или через письменные заявления. Если он этого не захочет, они должны с ним соглашаться под страхом лишения общения с апостольской кафедрой.