Факунд видел то, что, по-видимому, оставалось неизвестным в высших сферах, – наглое, открытое ликование монофизитов, когда епископы относили свои vota к Вигилию. Это всё больше убеждало его в том, что движение против «Трёх глав» есть дело их рук, и, раздражённый против благоприятелей еретиков, он решился издать свой труд, из которого его votum составляет лишь краткое изложение. Основная мысль его 12 книг в защиту «Трёх глав» следующая: не следует бороться против простых неточностей, в суждениях о человеческих убеждениях нужно быть чрезвычайно острожным, и оценку отдельных мнений нельзя обращать в оценку личности человека. Таким образом, если у Феодора Мопсуэстийского есть неточности, то они чисто исторического характера; если обсуждать это дело, то нужно расширить вопрос и рассмотреть всех учителей церкви. Далее он утверждает, что император не должен превышать своей власти; всякое превышение не приносит пользы в делах религии; в результате его может выйти только вред. Результатом конференций явился документ, получивший название «judicatum» («судебное решение»), который 11 апреля 548 г. Вигилий передал императору. Его подлинный текст не сохранился, а уцелели только отрывки, но содержание исследователям ясно. Хотя Вигилий соглашается осудить Феодора Мопсуэстийского за его нечестивые писания, послание Ивы и сочинения Феодорита, направленные против Кирилла Александрийского, предавая их анафеме, но в сохранившихся отрывках делает энергичные оговорки, что этим он не затрагивает авторитета Халкидонского собора. Документ вышел длинный, к неудовольствию Юстиниана, который не желал упоминания о Халкидонском соборе, но при всей своей обширности относится к документам бессодержательным: подобные документы появляются, когда человек ещё не составил себе определённого мнения о предмете. В тоне «judicatum,а» проводилась мысль: мы признаём единого Бога, не отрицая Его троичности. Серьёзный богослов рассуждал бы так: Бог едини по существу и троичен в Лицах. Если бы Вигилий довёл спорный вопрос до такой ясности, какая свойственна этой формуле, ему не нужно было бы заверять, что он не трогает авторитета Халкидонского собора. Поэтому спорный вопрос оставался неясным для всех, и, может быть, сам папа писал документ со смущением. Принято считать, что Вигилий, не имея достаточного богословского образования, к тому же нерешительный и трусливый, оказался полностью неспособным сыграть ту роль, какую предназначил ему император, поскольку в догматических вопросах был несведущ, подписывал разные подсунутые ему декларации, а затем отзывал их. Что он обещал уничтожить определение Халкидонского собора, направленное против монофизитов, однако выполнить это обещание у него не хватило духу из-за настроения западного духовенства. Однако когда Вигилий показал свой документ учёным диаконам Рустику и Севастиану, они пришли в восторг (диаконов по образцу церкви апостольского времени в каждой церкви было только семь, и в диаконы попадали только наиболее даровитые и образованные члены римского клира; поэтому мнение диаконов о Римском епископе имело далеко не маловажное значение). Вигилий не хотел распространять своего документа, но Рустик снял с него копии и, расхваливая, отослал на Запад. Он сошёлся с африканским аббатом Феликсом, который разъяснил ему дело по-африкански: император тревожит покой мёртвых, а папа Вигилий сделал нечто противное Халкидонскому собору. Феликс изменил мнения Рустика и Севастиана, и те же молодые диаконы выступили против Вигилия. На Запад от Рустика полетели послания, что папа расходится с Халкидонским собором. Это возбудило против Вигилия общее негодование западных иерархов, и он был вынужден снова занять более независимое по отношению к императорской власти положение; но это вызвало уже гнев самого Юстиниана I. Почти десять лет, проведённые Вигилием в Константинополе, были для этого папы бесконечной чередой нравственных страданий и попыток уйти от интриг двора и той борьбы, которую вели епископы Малой Азии, Египта и Восточной Европы. После смерти императрицы Феодоры (28 июня 548 г.), покровительствующей монофизитам, многие ожидали, что монофизитство ослабеет, но роль Феодоры взял на себя Юстиниан, который настаивал на осуждении «Трёх глав», без упоминания о Халкидонском соборе.