О том же говорил и Датий Медиоланский, но конференция кончилась ничем. Немедленно после её окончания епископы, как бы в поругание авторитета папы, отправились в церковь, на стенах которой было вывешено вероисповедание Юстиниана, совершили литургию и, вычеркнув имя Александрийского епископа Зоила, который протестовал против осуждения «Трёх глав», заменили его Аполлинарием. Данный ход дела глубоко возмутил Вигилия, и он (в июле 551 г.) объявил Феодору Аскиде, что тот лишается церковного общения. Однако это возбудило гнев Юстиниана, так что епископы почувствовали, что они находятся в Константинополе не в безопасности. 14 августа 551 г. Вигилий и Датий Медиоланский сбежали в храм Петра, который был священным убежищем. Подобное явление, конечно, должно было произвести впечатление на константинопольцев. Теперь Вигилий написал документ, где описал происшедшее и объявил, что он низлагает (от лицаапостола Петра и в сообществе с 13-ю бывшими в храме западными епископами) Феодора Аскиду, а Мину Константинопольского отлучает от общения. Документ был передан в руки верного человека в ожидании, что император изменит свою политику. Если же он её не изменит, писал Вигилий, и если папа (т.е. он) подвергнется преследованию или умрёт, то документ следовало опубликовать (таким образом, этот документ пока оставался секретом). Едва только стало известно, что Вигилий удалился в храм Святого Петра, туда явился комит Диаспондарист (главный конюший императора; впоследствии Юстиниан упразднил эту должность) брать папу. Клирики, находящиеся вместе с ним в храме, были первыми вытащены за волосы (об этом сообщается в письме итальянских клириков французским легатам). Оставался один папа. Комит крикнул: «Тащить и его!» Папу хотели извлечь, захватив его одни за ноги, другие за бороду и волосы. Вигилий ухватился за ножки престола (он был массивного роста и поэтому тяжеловесен). Вдруг престол поколебался, его верхняя мраморная доска начала падать и, наверное, убила бы папу, если бы её не поддержала сама полиция (по словам папы – клирики). Такое оскорбление Римского папы вызвало ропот, заставивший комита удалиться. Вдруг к папе пришла депутация из шести человек служащей аристократии во главе с Велизарием, которые от имени императора заявили, что папа должен получить клятвенное заверение в своей безопасности и возвратиться в свой дворец. Вигилий ответил, что лично против них ничего не имеет, но клятвенное общение ему должен дать сам император, которого одного он только опасается. Вскоре к нему явилась вторая депутация и заявила, что Юстиниан клятвенного обещания давать не намерен, а Вигилий путь возьмёт его от депутатов. Если же не согласится, то потерпит худшее. Вигилий был вынужден согласиться, и принял клятву перед крестом, в котором заключалась часть Животворящего Древа, и частью цепи от уз (claves) апостола Петра и возвратился во дворец. Но вскоре он увидел, что сделал промах, поскольку против него поднялись новые интриги. Всё, что ему было передано во дворце, оказалось от него удалённым, и к нему приставили людей, которые причиняли ему постоянные оскорбления. Интригу вели даже в самой Италии, распространяя о Вигилии ложные слухи, стараясь добиться его свержения. Нашёлся человек, который великолепно писал почерком Вигилия, и стал писать в Италию подозрительные послания. Но так как там его сторонником был Датий Медиоланский, то вся Италия была на стороне папы, и интригам не поверили. В Константинополе дело шло так плохо, что Вигилий решился бежать в храм. За два дня до Рождества Христова 551 г. он, переодетый, переправился через Босфор и укрылся в храме великомученицы Евфимии Всехвальной, прославленной Халкидонским собором. Здесь в январе 552 г. папа опубликовал осуждение Феодора Аскиды и Мины Константинопольского, составленное прежде.