Если в Средние века политика обычно должна была служить религии, то, наоборот, в Новое время очень часто религию заставляли служить политике. Уже некоторые гуманисты (например, Макиавелли) видели в религии своего рода instrumentum imperii. Католические писатели не без основания указывают, что это было возвращением к языческому государству: в христианском государстве религия не должна быть политическим средством. На ту же точку зрения становились и сектанты. Само существо сектантства не позволяло ему организоваться в какую-либо государственную церковь, из-за чего оно должно было приводить к постепенному разъединению религии и политики. Лучше всего это проявилось в английском индепендентстве XVII в., но принцип отделения церкви от государства вполне осуществился в североамериканских колониях Англии, из которых возникли Соединенные Штаты. Отделение религии от политики приводило к невмешательству государства в верования своих подданных. Это был логический вывод из сектантства, которое видело в религии, прежде всего, дело личного убеждения, а не орудие государственного властвования. С этой точки зрения, религиозная свобода являлась неотъемлемым правом личности, и этим она отличается от веротерпимости, вытекающей из уступок государства, которое само определяет и границы этих уступок. Наконец, Реформация оказала большое влияние на постановку и решение социальных и политических вопросов в духе равенства и свободы, хотя она же содействовала и противоположным общественным тенденциям. Мистический анабаптизм в Германии, Швеции и Нидерландах был проповедью социального равенства. Рационалистический антитринитаризм в Польше имел аристократический характер; многие польские сектанты шляхетского звания защищали право истинных христиан иметь «подданных» или рабов, ссылаясь на Ветхий Завет. В данном случае всё зависело от среды, в которой развивалось сектантство. То же самое исследователи говорят о политических учениях протестантов: лютеранство и англиканизм отличались монархическим характером, цвинглианство и кальвинизм – республиканским. Бытует мнение, будто протестантизм всегда стоял на стороне свободы, а католицизм – всегда на стороне власти, но исследователи говорят, что это неверно: роли католиков и протестантов менялись, смотря по обстоятельствам, и те же самые принципы, которыми кальвинисты оправдывали своё восстание против «нечестивых» королей, были в ходу и у католиков, когда они имели дело с еретиками-государями. Это исследователи наблюдается вообще в иезуитской политической литературе, но особенно резко оно проявляется во Франции во время религиозных войн. Особую важность для понимания дальнейшего политического развития Западной Европы исследователи видят в развитии в кальвинизме идеи народовластия. Изобретателями этой идеи были не кальвинисты, и не они одни развивали её в XVI в. Но никогда до тех пор она не получала одновременно такого теологического обоснования и такого практического влияния (см. Монархомахи). Кальвинисты (а в XVII в. – индепенденты) верили в её истинность, тогда как иезуиты, становясь на ту же точку зрения, видели только одну её выгодность при известных обстоятельствах. В исторической литературе предпринимались попытки определения значения Реформации с экономической точки зрения: исследователи не только пытались свести Реформацию к экономическим причинам, но и вывести из неё экономические следствия. Эти попытки имели смысл лишь настолько, насколько за обоими явлениями (т.е. реформационным движением и экономическим процессом) признаётся взаимодействие. Другие исследователи говорят, что нельзя сводить реформационное движение к одним экономическим причинам или приписывать исключительно ему известные экономические явления.