В частностях дело представляется так. Во-первых, протестантизм породил принцип свободы совести, хотя Реформация его и не осуществила. Её исходным пунктом был религиозный протест, имевший в своей основе нравственное убеждение: все, ставшие протестантами по внутреннему убеждению, часто встречали отпор со стороны церкви и со стороны государства, но мужественно (и даже претерпевая мученичество) отстаивали свободу своей совести, возводя её в принцип религиозной жизни. Однако в большинстве случаев этот принцип на практике искажался: часто гонимые ссылались на него лишь в целях самообороны, не имея достаточно терпимости, чтобы не делаться гонителями других, когда к тому представлялась возможность, думая, что, как обладатели истины, они могут принуждать других к её признанию. Ставя Реформацию под покровительство светской власти, сами реформаторы передавали ей права старой церкви над индивидуальной совестью. Отстаивая свою веру, протестанты ссылались не только на своё индивидуальное право (как это делал Лютер на Вормском сейме), но, главным образом, на обязанность больше повиноваться Богу, чем людям. Этим же самым повиновением оправдывалось и их нетерпимое отношение к иноверию, которое они приравнивали к оскорблению Божества. Реформаторы признавали за государством право наказывать еретиков, в чём вполне сходилась с ними светская власть, видевшая в отступлении от господствующего вероисповедания ослушание её велениям. Во-вторых, Реформация неприязненно отнеслась к свободе мысли, хотя и содействовала её развитию. Вообще теологический авторитет ставился в Реформации выше деятельности человеческой мысли, поэтому обвинение в рационализме было одним из наиболее сильных в глазах реформаторов. Из-за страха ереси они не только забывали права чужой совести, но и отрицали права собственного разума. Между тем, сам протест реформаторов против требования католической церкви верить не рассуждая заключал в себе признание известных прав за индивидуальным пониманием. Было в высшей степени нелогичным признавать свободу исследования, а за его результаты – наказывать. Элемент научного исследования был внесён в теологические занятия ещё теми из гуманистов, которые с интересом к классическим авторам соединяли интерес к Священному Писанию и Отцам церкви и прилагали гуманистические методы к богословию. Для самого Мартина Лютера изучение Библии при помощи новых приёмов было целым рядом научных открытий. Поэтому, несмотря на общий принцип подчинения разума авторитету Священного Писания, необходимость его толкования требовала деятельности разума, и рационализм (несмотря на вражду к нему теологов и мистиков) проникал в дело церковной реформы. Свободомыслие итальянских гуманистов редко направлялось на религию, но, стремясь освободить разум от теологической опёки, они изобрели особую уловку, утверждая, что истинное в философии может быть ложным в теологии и наоборот. В XVI в. мысль направилась, главным образом, на решение религиозных вопросов, и мистическая идея о внутреннем откровении была лишь предшественницей более позднего учения, в котором сам разум являлся откровением Божества и рассматривался как источник религиозной истины. В-третьих, взаимные отношения церкви и государства в католицизме понимались в смысле главенства церкви. Теперь она или подчиняется государству (лютеранство и англиканство), или как бы сливается с ним воедино (кальвинизм), но в обоих случаях государство имеет конфессиональный характер, и церковь является государственным учреждением. Освобождением государства от церкви и сообщением ей характера национально-политического учреждения нарушались принципы католического теократизма и универсализма. Всякая связь между церковью и государством порывалась только в сектантстве. В целом исследователи утверждают, что Реформация дала государству преобладание и даже господство над церковью, сделав из самой религии орудие государственной власти. В какие бы отношения ни становились между собой церковь и государство в эпоху Реформации, в любом случае, эти отношения были соединением религии и политики. Всё различие заключалось в том, что принималось за цель и что – за средство.