В странах, где победила Реформация, церковь оказалась в большей зависимости от государства, пользовалась меньшей властью, чем в странах господства католицизма. Однако главным итогом Реформации исследователи считают возникновение новых религиозных доктрин, которые легли в основу не только социально-общественных изменений жизни, но и стали причиной появления новых теологических систем. Теологическая структура протестантизма, созданная реформаторами, опирается на три фундаментальных принципа, которые объединяют их, несмотря на различные интерпретации этих принципов. Это, во-первых, учение об оправдании только верой (sola fide), вне зависимости от совершения добрых дел и любых внешних священнодействий. Во-вторых, это принцип sola scriptura: Священное Писание содержит Слово Бога, которое обращается непосредственно к душе и совести христианина и является высшим авторитетом в вопросах веры и церковного богослужения, вне зависимости от церковного Предания и любой церковной иерархии. В-третьих, учение, согласно которому церковь, образующая мистическое тело Иисуса Христа, представляет собой невидимое сообщество избранных христиан, предопределённых к спасению. Реформаторы утверждали, что эти учения содержатся в Священном Писании, и что они представляют собой истинное Божественное Откровение, искажённое и забытое в процессе догматического и институционального вырождения, которое произошло в Римско-католической церкви. Реформация также внесла существенные изменения в нравственное учение католицизма, чрезмерно отягощённое аскетизмом. Аскетизм для реформаторов был оскорблением жертвы Христовой. С их точки зрения, погоня за подвигами нарушала основную заповедь Реформации – спасение только верой. Таким образом, в Реформации претерпели коренные изменения все аспекты жизни европейцев XVI в.; были реформированы теология, мораль, нравственные устои и обычаи, социальная и политическая сферы жизни. Однако Реформация нередко заменяла один церковный авторитет в делах веры другим таким же, или авторитетом светской власти, определяла для всех обязательные внешние формы и, установив определённые начала церковной жизни, становилась по отношению к ним консервативной силой, не допуская дальнейшего их изменения. Таким образом, вопреки основным принципам протестантизма, Реформация на самом деле нередко сохраняла старые культурно-социальные традиции. Взятый с принципиальной стороны, протестантизм был религиозным индивидуализмом и в то же время – попыткой освобождения государства от церковной опёки, что удалось в большей степени, чем проведение индивидуалистического принципа. Государство не только освобождалось от церковной опеки, но и само подчиняло себе церковь и даже становилось на место церкви по отношению к своим подданным, прямо противореча индивидуалистическому принципу Реформации. Своим индивидуализмом и освобождением государства от теократической опеки протестантизм имеет много сходного с гуманизмом эпохи Возрождения, в котором также сильны были индивидуалистические и секуляризационные стремления. Общие черты Возрождения и Реформации – стремление личности создать себе собственный взгляд на мир и критически отнестись к традиционным авторитетам, освобождение жизни от аскетических требований, реабилитация инстинктов человеческой природы, что выразилось в отрицании монашества и безбрачия духовенства, эмансипации государства и секуляризации церковной собственности. Индифферентный или слишком рассудочно относившийся к религии гуманизм оказался неспособным выработать индивидуалистический принцип свободы совести, рождённый (хотя и с великими муками) Реформацией, которая, в свою очередь, оказалась неспособной понять свободу мысли, возникшую в культуре гуманизма; синтез этих наследий протестантизма и гуманизма совершился только позднее. В своей литературе гуманизм не развил идеи политической свободы, которую, наоборот, защищали в своих сочинениях протестанты (в XVI в. – кальвинисты, в XVII в. – индепенденты). Протестантские политические писатели не могли отрешить государственную жизнь от вероисповедной окраски, как это делал гуманизм: и здесь лишь позднее произошло слияние политических воззрений Реформации и Возрождения. Религиозная и политическая свобода новой Европы обязана своим происхождением преимущественно протестантизму, но свободная мысль и светский характер культуры ведут своё начало от гуманизма.