В письме к Нектарию Паисий и Макарий говорят, что они отправились в Москву только после того, как «узревше писаньице твоё, извещающее, яко твоё блаженство име у мышление в сиа страны путынествовати. Пачеже грамотоносеце устне извеща нам, яко Вселенский патриарх хотяше послати своего экзарха». Ввиду именно таких вестей, т.е. что Нектарий сам едет в Москву, а Константинопольский патриарх посылает туда своего экзарха, они и решились отправиться в путь, чтобы таким образом в Москве были все четыре патриарха. Они извещают Нектария, что после соборных допросов нашли Никона виновным во многих преступлениях, «их же не подобает предавати писанию, занеже епистолия не имеет в себе что-либо тайно». Но, несмотря на такую оговорку, они всё-таки считают нужным указать Нектарию на одну вину Никона: «В такое напыщение прииде гордостный Никон, якоже сам ся хиротониса патриархом новаго Иерусалима, – монастырь бо, его же созда, нарече новым Иерусалимом со всеми окрест лежащими: именуя святый Гроб, Голгофу, Вифлием, Назарет, Иордан». Они пишут, что оказали услугу Нектарию, освободив от заключения его посланца Савелия. Подобного же рода письмо было отправлено и к Константинопольскому патриарху. Очевидно, что побуждением к написанию этих писем Паисием и Макарием служило опасение, что их поездка в Москву без согласия и одобрения Константинопольского и Иерусалимского патриархов, что осуждение ими Никона, этого друга и покровителя греков, вызовут на Востоке сильное неудовольствие и порицание и могут причинить им после возвращения на Восток много неприятностей. Это опасение было тем более основательным, что Иерусалимский патриарх, как им хорошо было известно, открыто стоял на стороне Никона, желая его восстановления на патриаршей кафедре, а Константинопольский патриарх Парфений своё отношение к делу Никона очень ясно и определённо выразил в том своём действии, что лишил Паисия и Макария их патриарших кафедр за то, что они поехали в Москву, чтобы судить и, конечно, осудить Никона, так что русскому правительству потом пришлось хлопотать перед высокой Портой о восстановлении патриархов Паисия и Макария на их кафедрах. Из-за указанных обстоятельств и московское правительство, со своей стороны, было озабочено тем, чтобы патриархи Паисий и Макарий после своего возвращения на Восток были приняты там своими собратьями, Константинопольским и Иерусалимским патриархами, вполне дружественно, а также чтобы ими были приняты и утверждены деяния большого Московского Собора относительно низложения Никона и других статей. С этой целью государь отправил к Константинопольскому и Иерусалимскому патриархам с греком иеродиаконом Мелетием свою грамоту, написанную от 13 июля 1669 г., в которой он в то же время просит патриархов и о разрешении Паисия Лигарида. В грамоте к патриарху Нектарию (такая же грамота слово в слово была послана и Константинопольскому патриарху) царь просит его принять с честью и веселием патриархов Паисия и Макария – «какую честь учините им, и то учините нашему царскому величеству». Относительно деяний большого Московского Собора царь просит Нектария: «Ещё просим и о здешнем соборном, что уложено и совершено, всем желаем явлено быти и улажити улаженье в великой Христовой Церкви», на память и научение будущим поколениям. Относительно «патриарха Никонова изверженья, соборне просим подписати, яко по правде, по правилом законным, по освященным уложеньем и соборных правил и патриарших томос (т.е. известных патриарших свитков о царской и патриаршей власти) познан бысть и осужён преже и потом всем Собором». В доказательство полного согласия «догматов и ученья Русские Церкви с Восточные Церкви, питательные матери нашей», говорит грамота, «хощем имети совет соборным вашим письмом чрез нашего священнаго диякона Мелетия».