Далее говорится о конюшенном сарае, каретнике, братских кельях, трапезной, кладовой, кровлях на ограде, бане, воротах, книгах. Также сгорели «архивския бумаги кроме крепостей и планов на земли и угодья», были похищены оклады и венцы в Преображенской и Знаменской церквах, 300 пудов меди от разбившегося колокола, одежды из ризницы (Российский государственный архив древних актов). Заметную роль в восстановлении Новоспасского Преображенского монастыря сыграли архимандрит Амвросий и его преемники – архимандрит Филарет (Дроздов, 1816–1817 гг., управлял обителью до 1819 г.; впоследствии – митрополит) и архимандрит Кирилл (Богословский-Платонов, 1819–1824 гг.; впоследствии – архиепископ). В 1816 г. архимандрит Филарет по рескрипту императора Александра I получил панагию «по примеру московского Донского монастыря архимандрита». 2 ноября 1817 г. император Александр I посетил обитель. Весомый вклад в развитие Новоспасского Преображенского монастыря внесли длительное время управлявшие им архимандрит Поликарп (Гойтанников; 1824–1837 гг.) и архимандрит Аполлос (Алексеевский; 1837–1851 гг.). 28 июля 1837 г. обитель посетил великий князь Александр Николаевич (будущий император Александр II). В первой половине XIX в. в монастыре подвизались старцы Александр (Подгорченков) и Михаил. Во второй половине XIX в. настоятелями Новоспасского Преображенского монастыря были архиереи. Первым среди них стал бывший Томский епископ Агапит (Вознесенский; 1851–1852 гг.). В 1852–1877 гг. монастырь возглавлял архимандрит Агапит (Введенский). Затем управление обителью вновь перешло к наместникам-архиереям: епископу Порфирию (Успенскому; 1878–1885 гг.), епископу Петру (Екатериновскому; 1885–1889 гг.), епископу Нестору (Метаниеву; 1889–1894 гг.), епископу Анатолию (Станкевичу; 1894–1898 гг.). В 1888 г. при Новоспасском Преображенском монастыре сформировалось общество хоругвеносцев (официально учреждено указом Синода от 8 июня 1901 г.), его участники неоднократно создавали на свои средства хоругви и финансировали написание икон, которые жертвовали не только в Новоспасский Преображенский монастырь, но и в другие монастыри. Во время управления обителью архимандрита Климента (Стояновского; 1898–1906 гг.) 13 апреля 1900 г. Новоспасский Преображенский монастырь посетил император Николай II вместе с императрицей Александрой Фёдоровной. Во время этого визита было принято решение об устройстве храма во имя преподобного Романа Сладкопевца в усыпальнице бояр Романовых. На его освящении в 1902 г. митрополитом Московским Владимиром (Богоявленским) присутствовал московский генерал-губернатор великий князь Сергей Александрович с супругой, великой княгиней Елизаветой Фёдоровной. 24 сентября 1900 г., находясь в Москве, Новоспасский Преображенский монастырь посетила королева Эллинов Ольга Константиновна с сыном, принцем Христофором. 16 апреля 1903 г. обитель посетили император Николай II и великий князь Сергей Александрович с супругами. С октября 1903 г. до конца 1905 г. в монастыре действовала школа для послушников. В начале ХХ в. в Новоспасском Преображенском монастыре ежедневно служили три литургии: сразу после утрени, начинавшейся в 4 часа, в 7 часов и в 9 часов 30 минут утра; вечерню служили в 16 часов.