В конце января – начале февраля 1649 г. архимандрит Никон общался с прибывшим в Москву Иерусалимским патриархом Паисием, который дал ему положительную характеристику, что, как полагают исследователи, способствовало поставлению Никона на Новгородскую кафедру 11 марта 1649 г. В качестве архимандрита Новоспасского Преображенского монастыря Никон подписал Соборное уложение 1649 г., согласно которому Троице-Сергиев и Новоспасский монастыри освобождались от уплаты печатных пошлин при получении государевых грамот, причём в случае с Новоспасским Преображенским монастырём оговаривалось, что льгота дана «для государских родителей». В июле 1653 г. в Новоспасском Преображенском монастыре в течение дня держали «под началом» протоиерея Иоанна Неронова, а затем перевели в соседний Симонов монастырь. Тогда же, по свидетельству протопопа Аввакума, в монастыре был заключён темниковский протоиерей Даниил. В августе 1653 г. в обители служил отстранённый от кафедры Константинопольский  патриарх Афанасий III Пателларий. Из отписки князя Михаила Петровича Пронского царице Марии Ильиничне и царевичу Алексею Алексеевичу от 31 июля 1654 г. (во время эпидемии чумы) исследователям известно, что царица распорядилась перевезти в Новоспасский Преображенский монастырь наличную казну, предполагавшуюся к отправке государю под Смоленск: «...Золотые и серебреные золоченые денги и денежную и ефимочную казну велети б отвезть в Спаской монастырь на Новое, чтоб на Москве денег и ефимков и золотых не осталось ничего; а стоять той казне в том монастыре до государева указу, а в монастыре тое казну поставить в полате, а провезти теми улицами, в которых улицах морового поветрия не было и тихим обычаем». Впрочем, князь М.П. Пронский не спешил с выполнением указания «из опасения нехватки жалования» ратным людям под Смоленском. Однако уже само рассмотрение обители как предполагаемого места размещения царской казны свидетельствует о доверии к обители со стороны членов царской семьи. В отписке князя Ивана Андреевича Хилкова царице Марии Ильиничне и царевичу Алексею Алексеевичу, составленной после 23 сентября 1654 г., Новоспасский Преображенский монастырь отмечен среди монастырей, где «старцы многие померли, а остались немногие». В записи от 9 февраля 1655 г. отмечены архимандрит Питирим и бывший архимандрит Никон, первый из которых 12 августа того же года был поставлен во митрополита Сарского и Подонского, а позднее взошёл на Патриарший престол. Архимандрит Сергий участвовал в Соборе о троеперстии (23 апреля 1656 г.), а также в соборном осуждении Ивана Неронова в начале 1656 г. Архимандрит Иосиф участвовал в Соборе об учреждении кафедр в Вятке (ныне Киров) и Смоленске в октябре 1657 г., а также в деянии об отстранении патриарха Никона (август 1660 г.). Под 1662/1663 г. в источниках отмечены архимандрит Прохор и келарь Иоаким (Савёлов). В мае 1665 г. в Новоспасском Преображенском монастыре содержался Варненский митрополит Даниил. В обитель на жительство был отправлен раскаявшийся в мае 1666 г. бывший приверженец старых обрядов Ефрем (Потёмкин). 18 ноября 1666 г. Новоспасский Преображенский монастырь посетили Антиохийский патриарх Макарий III и Александрийский патриарх Паисий.