Таким образом, либо наличие или отсутствие личных печатей у архимандритов Новоспасского Преображенского монастыря было обусловлено случайными обстоятельствами, либо можно говорить о введении такой практики в обители с середины – второй половины XVI в. По сведениям Ивана Михайловича Снегирёва, 14 февраля 1575 г. архимандрит Вассиан был хиротонисан во архиепископа Казанского, а 21 мая того же года скончался. 15 января 1580 г. Иов, архимандрит «Спаса Нового», подписал грамоту Собора о церковных имениях. Традиционно архимандрита Иова исследователи отождествляют с будущим первым патриархом Московским и всея Руси Иовом. Однако в источниках, более подробно зафиксировавших биографию патриарха («История о первом Патриархе Иове Московском», «Духовная грамота»), его связь с Новоспасским Преображенским монастырём не отмечена, что вызывает некоторые сомнения в справедливости этого отождествления. Николай Петрович Попов подробно описал рукопись Служебной Минеи за январь второй половины XVI в., содержащую вкладную запись от 23 ноября 1580 г. без указания вкладчика и места вклада; в другой вкладной записи указано, что книгу «дал в дом Всемилостивого Спаса города Старицы строитель Герасим Суворов»; в ещё одной записи Герасим отмечен как старец. Сопоставив три записи, Н.П. Попов пришёл к выводу, что вкладчик был строителем старицкого Успенского монастыря, а рукопись могла попасть в Новоспасский Преображенский монастырь «под влиянием будущего Патриарха Иова, постриженика Старицкой обители», который, по убеждению исследователя, в 1580 гг. был настоятелем Новоспасского Преображенского монастыря. Однако для исследователей не очевидно, что старицкое происхождение одного из вкладчиков Новоспасского Преображенского монастыря, даже монашествующего, может служить доказательством для отождествления современного вкладу архимандрита обители Иова с тезоименитым будущим патриархом, начинавшим свою духовную карьеру в Старице. В феврале 1581 г. архимандрит Новоспасского Преображенского монастыря принимал участие в чине поставления во митрополита Московского и всея Руси Дионисия, в 1584 г. – в чине венчания на царство Фёдора Ивановича («Полное собрание русских летописей», том 34). 20 июля 1584 г. архимандрит Иоаким принимал участие в Соборе об отмене тарханов. 17 января 1589 г. архимандрит Сергий участвовал в совещании по поводу восстановления патриаршества, в мае того же года подписал Уложенную грамоту об учреждении Патриаршего престола. По распространённому мнению, обитель защищалась от набега крымского хана Гази-Гирея II в 1591 г. Настоятель «Спаса Нового монастыря» отмечен среди составителей Утверждённой грамоты Бориса Фёдоровича Годунова, причём в июльской редакции назван Сильвестр, а в редакции от 1 августа 1598 г. – Закхей (последний отмечен и в «Лествице» соборных властей 1598/1599 г.). В 1606 г. архимандрит Сергий входил в комиссию, возглавлявшуюся митрополитом Ростовским (впоследствии патриарх Московский и всея Руси) Филаретом (Романовым), отправленную в Углич для освидетельствования мощей царевича Дмитрия Ивановича. Архимандрит Новоспасского Преображенского монастыря Евфимий отмечен среди представителей духовенства (причём непосредственно после митрополита Ростовского и Ярославского Филарета) – членов посольства, пригласившего королевича Владислава на русский трон в сентябре 1610 г.