Исследователи полагают, что летом 1780 г. в Новоспасском Преображенском монастыре побывал посетивший Россию инкогнито под именем графа Фалькенштейна император Священной Римской империи Иосиф II Габсбург (указан ошибочный год – 1785 г.). В 1782 г. визит в монастырь нанесла императрица Екатерина II. В 1794–1842 гг. в обители подвизался старец Филарет (Пуляшкин; в схиме Феодор). Продолжительное время настоятелем Новоспасского Преображенского монастыря был архимандрит Варлаам (Головин; 1799–1811 гг.), ранее возглавлявший Мирожский (1774–1775 гг.) и Снетогорский (1775–1785 гг.) монастыри в Пскове, Псково-Печерский монастырь (1785–1792 гг.) и Новоиерусалимский Воскресенский монастырь (1792–1799 гг.). На непродолжительное время его сменил архимандрит Сергий (Крылов-Платонов; 1811–1812 гг.; впоследствии архиепископ), а накануне Отечественной войны 1812 г. монастырь возглавил церковный историк архимандрит Амвросий (Орнатский; 1812–1816 гг.; впоследствии епископ), который организовал эвакуацию большей части монастырских ценностей и ризницы в Спасо-Каменный монастырь, серебряные ризы с образов были спрятаны под кровлей Преображенского собора. Архимандрит Амвросий с братией покинул Новоспасский Преображенский монастырь, в обители остался наместник старец Никодим с десятью монахами и послушниками. 2 сентября поляки учинили в монастыре грабёж, вечером после пыток был заколот пикой настоятель (с 1773 г.) церкви Сорока мучеников Севастийских бывшей подмонастырской слободы священник Пётр Гаврилов (с 1772 г. – диакон; около 1746 – 1812 гг.). 3 сентября грабёж в Новоспасском Преображенском монастыре продолжили занявшие его французские части, был ранен старец Никодим. Вечером 3 сентября в монастыре начался пожар: сначала загорелась деревянная кровля на ограде, башнях и кельях, затем колокольня, с которой рухнули колокола – Благовестник, обрушивший своды второго яруса церкви во имя Сергия Радонежского, и Полиелей, окончательно разбивший упавший ранее Благовестник. Настоятельские покои и трапезная с церковью Покрова Пресвятой Богородицы были обращены в казармы, церковь иконы Божьей Матери «Знамение» – в конюшню. «Ограбив в церквах всё, что… можно захватить», солдаты наполеоновской армии раскапывали могилы, разламывали каменные надгробницы в усыпальницах под собором, «престолы и жертвенники в алтарях. Случайно отыскав под кровлей собора серебряные ризы с образов, они разрубали их в монастырском саду палашами и делили между собой». С 4 сентября «в св. воротах расположилась гауптвахта с пушками». При отступлении французы хотели довершить разорение Новоспасского Преображенского монастыря взрывом Преображенского собора, «где, по сказанию очевидцев, вырыли, было, и ямы для пороха, но и того не успели сделать». В реестре вещей, сгоревших и похищенных в 1812 г., названы: «1) В церкви Святителя Николая иконостас с иконами, подсвещники лампады и пр.; 2) в церкви преп. Сергия Радонежского также все сгорело; 3) в церкви преп. Саввы Освященнаго оконницы и пол, а иконостас и образа повредились только; 4) на колокольне боевые часы; два, большой и полиелейный, колокола разбились и три из малых...».