Архимандрит Иосиф участвовал в составлении жалованной грамоты князю Дмитрию Тимофеевичу Трубецкому на вотчину Вагу в январе 1613 г. Он входил в посольство, отправленное в Кострому для приглашения на трон Михаила Фёдоровича Романова. По сведениям Ивана Дмитриевича Дмитриева, приведённым без ссылки на источник, в 1619 г. Иосиф был хиротонисан во Рязанского архиерея. В 1616 г. для защиты от «ногайских людей» были укреплены Новоспасский Преображенский монастырь, Новодевичий и Симонов монастыри, при этом в Новоспасском Преображенском монастыре должен был находиться «Пётр Дашков, а с ним 50 ч. стрелцов, да с ним же монастырских слобод жилетцкие люди»; эти же монастыри вооружали и в 1633 г. (автор (И.М. Снегирёв) связывает с этими событиями происхождение поговорки «У Спаса все в запасе»). Согласно сохранившейся в виде выписок вкладной книге Новоспасского Преображенского монастыря, царь Михаил Фёдорович в 1634 г. пожаловал в обитель «медного наряду: четыре пищали полуторных, пищаль полковая медная, пищаль железная полуторная с станками и с колесы, да железных 189 ядер, две бочки пороху, свинью свинцу». В 1618 г. в Новоспасском Преображенском монастыре недолго содержался «под началом» архимандрит Троице-Сергиева монастыря Дионисий (Зобниновский), обвинённый в ереси, но вскоре оправданный. В 1624 г. келарем Новоспасского Преображенского монастыря был некогда пребывавший в Иерусалиме и в Грузии грек Иоанникий, приехавший в Москву вместе с Иерусалимским  патриархом Феофаном IV в 1619 г. В июле 1624 г. в Посольском приказе он делился известными ему сведениями об одежде, в которой был распят Иисус Христос и которую предполагали привезти в Москву. Весной 1625 г., когда святыня была доставлена в Москву, Иоанникий наряду с архиепископом Нектарием не смог ни подтвердить, ни опровергнуть её подлинность. Для экспертизы была создана комиссия, в состав которой вошёл архимандрит Новоспасского Преображенского монастыря Иосиф. Утверждение династии Романовых способствовало укреплению почитания монастыря, в том числе и со стороны царствующих особ, почтительно относившихся к династическому некрополю в обители. Привычными стали посещения государями служб в Новоспасском Преображенском монастыре. В 1645/1646 г. «был под началом у Спаса в Новом монастыре... Пушкарского приказу иноземец, селитерных варниц бочар, Лавринка Семенов... и крещен в Православную християнскую веру», после чего 13 января 1647 г. он в соответствии с традицией подал челобитную с просьбой «дать крещеное» жалованье. Эти данные позволяют исследователям рассматривать Новоспасский Преображенский монастырь как место, где существовала традиция перекрещивать служилых иноземцев, и/или где были заинтересованы в том, чтобы привлекать специалистов артиллерийской и смежных областей (Новоспасский Преображенский монастырь только был обнесён каменной оградой). В 1646 г. архимандритом Новоспасского Преображенского монастыря стал бывший игумен Кожеезерского в честь Богоявления монастыря Никон (Минов; впоследствии патриарх Московский и всея Руси).