«С западной и южной сторон к четверику пристроена паперть. На сводах западной паперти над её северо-западным и юго-западным углами были также поставлены приделы». Апсиды верхних приделов внутри, а нижних – и снаружи были разделены на две части и образовывали симметричные алтарные ниши, что могло быть связано с размещением в них придельных престолов. Подобный приём имел место в Успенском и Архангельском соборах. «Особенности пространственной структуры церкви Спаса на Бору находят объяснение в сведениях Ладанных книг и других источников», называющих значительное число приделов, превышающее «имевшиеся в Архангельском и Благовещенском соборах и сопоставимые лишь с собором Покрова на Рву. Наиболее ранние из них датируются 7093 (1584) г., это приделы, посвящённые Собору архангела Гавриила, святым Мине Великому, Симеону Богоприимцу, Спиридону Великому, Павлу Фивейскому и Иоанну Кущнику, Трём святителям; в начале XVII в. упоминаются приделы в честь Собора архангела Михаила, Происхождения Древ Креста Господня и во имя святых Гурия, Самона и Авива. Одно из объяснений появления в 1527 г. многопридельного собора может состоять в том, что кроме приделов, связанных с благочестием донатора – великого князя Владимирского и Московского Василия III, – часть приделов была унаследована» от прежнего храма, как это было при строительстве Архангельского собора. Так, посвящение придела Собору архангела Гавриила, как полагают исследователи, связано с почитанием архангела в семье великого князя, родившегося в день Благовещения Пресвятой Богородицы. Посвящения некоторых приделов связаны, как полагают исследователи, с сохранением памяти о деревянных церквах, стоявших на территории монастыря до 1492 г. Как отмечают исследователи, «при переносе монастыря на новое место его сакральная топография не повторяется: его престолы переносятся в новую церковь «на старом месте», приобретшую статус дворцового храма, но сохранявшую посвящения приделов упразднённого монастыря». А.А. Воронов относит устройство северного и южного приделов, а также южной галереи ко второй половине XVI в. Габариты и объёмно-пространственная структура храма, сохранявшегося до первой трети XX в., известны исследователям по приблизительному чертежу середины XIX в. архитектора Алексея Александровича Мартынова. Длина (с алтарной частью) составляла около 15 м, ширина – 13 м, сторона подкупольных столбов – около 1 м, сторона подкупольного квадрата – 3,6 м, ширина боковых нефов – 2 м. С востока храм имел три апсиды полуциркульной формы с двумя узкими окнами в центральной апсиде и по одному – в боковых апсидах. Главный, западный, и боковые, северный и южный, входы с перспективными порталами располагались по оси соответствующих нефов. В западном притворе было два небольших окошка с северной и южной сторон. Исследователям трудно судить о первоначальной толщине стен, возможно, усиленных лопатками. Как и у внутренних столбов, она вряд ли сильно превышала 1 м. Барабан купола мог стоять на приподнятых подпружных арках, известных исследователям по произведениям московской архитектуры второй половины XIV в.