Московский Преображенский монастырь также был некрополем, и не только великих княгинь. Это был второй по времени устроения (после Успенского собора) известный по летописям московский некрополь. В обители покоились останки княгини Елены (в монашестве Соломонида; ум. в 1331 г.), супруги князя Иоанна Калиты; княгини Анастасии (ум. в 1345 г.), супруги великого князя Симеона Гордого; княгини Александры (в иночестве Мария; ум. в 1364 г.), супруги великого князя Владимирского Ивана II Ивановича Красного, матери князя Дмитрия Донского; княгини Марии (в монашестве Фотиния; ум. в 1399 г.), третьей жены князя Симеона Иоанновича («Полное собрание русских летописей», том 15), останки которой в 1472 г. были обретены нетленными и по приказу великого князя Иоанна III Васильевича облачены в новые ризы. Это было последнее документально подтверждённое погребение в храме. Также в обители в 1393 г. был похоронен сын Дмитрия Донского великий князь Иоанн Дмитриевич (в иночестве Иоасаф) – «в притворе, идее же гроб бабы его, княгине великие Александры Ивановны». Во время ремонта храмового притвора (1836 г.) были обнаружены два захоронения в каменных гробах характерной для XIV в. формы (широких в верхней части и сужающихся в нижней). В одном сохранилось погребение женщины в шёлковом платье, в другом – мужчины в иноческих одеждах, их останки специалисты идентифицируют с великой княгиней Александрой, матерью великого князя Дмитрия Донского, и её внуком князем Иоанном Дмитриевичем (в схиме Иоасаф; ум. в 1393 г.), но Татьяна Дмитриевна Панова считает, что оба погребения были женскими. В 1387 г. «в монастыри у святого Спаса в церкви» был погребён князь Феодор Фоминский (в монашестве Симеон). В «Рогожском летописце» и «Симеоновской летописи» его имя ошибочно читается как Фёдор Симоновский. Впрочем, исследователи полагают, что в этих источниках могла идти речь и о другом Спасском монастыре. В соборе, «в застенке в Спасе милостивом», был погребён скончавшийся в Москве Пермский епископ Стефан (ум. в 1396 г.; «Полное собрание русских летописей», том 25). Исследователи полагают, что имеется в виду придел храма, посвящённый Происхождению Честных Древ. «Мазуринский летописец» датирует перенос Московского Преображенского монастыря на новое место, на Крутицу, 1462 г. («Полное собрание русских летописей», том 31).  Однако ранние источники, заслуживающие у исследователей большего доверия, относят это событие к более позднему времени. После пожара 1488 г. («да Спаськы манастырь згорел, от тех мест и разорен оттуду»; «Полное собрание русских летописей», том 31) связи с расширением территории дворца монастырь по распоряжению великого князя Ивана III Васильевича был переведён на другое место – на Васильцов стан, на берег Москвы-реки, за Яузу, на «Новое». Иван Михайлович Снегирёв упоминал грамоту «на тряпичной бумаге» в Московском государственном архиве старых дел (ныне Российский государтвенный архив древних актов) от 1482 г., согласно которой «дом Всемилостивого Спаса», управляемый архимандритом Елисеем, располагался ещё на прежнем месте: «на Москве, в городе, за двором великого князя», а также жалованную грамоту 1488 г.