В летописном рассказе о чуде при рождении великого князя Владимирского и Московского Василия II Васильевича Тёмного в 1415 г. упоминается не названный по имени священник, духовник великого князя Московского и Владимирского Василия I Дмитриевича, молившийся в Московском Преображенском монастыре («Полное собрание русских летописей», том 20). Духовный отец князя Василия II спасский архимандрит Трифон (впоследствии архиепископ Ростовский) присутствовал при составлении около 1461 – 1462 гг. духовной грамоты государя (Духовные и договорные грамоты великих и удельных князей). Он же был свидетелем составления духовной грамоты матери князя Василия II великой княгини Софьи Витовтовны. Духовник великого князя Ивана III Васильевича архимандрит Вассиан (Рыло; впоследствии архиепископ Ростовский) некоторое время возглавлял Московский Преображенский монастырь. В Московском Преображенском монастыре принимали постриг перед кончиной, «но, вероятно, и долго жили представительницы московской великокняжеской семьи», в том числе, как полагают исследователи, и княгиня Мария, вдова великого князя Симеона Ивановича Гордого. «Мужская часть династии ограничивала дело предсмертным постригом, причём осуществлялось это, скорее всего, в Спасской обители» (В.Д. Назаров). Исследователи отмечают, что в источниках сравнительно позднего происхождения говорится, что князь Иоанн Калита перед смертью принял постриг в монастыре «Преображения Господня, его же сам устроил близ двора своего» («Полное собрание русских летописей», том 31). В 1382 г., во время набега на Москву хана Тохтамыша, Московский Преображенский монастырь был разграблен, братия и настоятель архимандрит Симеон убиты («Полное собрание русских летописей», том 15). Согласно летописному известию, в 1404 г. митрополит «постави… в Киеве наместника своего Феодосиа, архимандрита Спасково» («Полное собрание русских летописей», том 11; в статье не называется город, в котором находился Спасский монастырь). В XV в. Московский Преображенский монастырь постепенно утрачивал свои позиции, что было обусловлено появлением московского Чудова в честь Чуда архангела Михаила в Хонех монастыря (первое время митрополичьего), московского в честь Вознесения Господня женского монастыря, перенявшего «у Спасского функции места пострига, уединения и погребения для женщин из государевой семьи. Не позднее конца XIV в. у великокняжеской семьи появился домовый собор – Благовещенский… При всём том среди московских настоятелей спасскому архимандриту всегда принадлежало первое место» (В.Д. Назаров). В 1394 г. появился каменный домовый храм и у княгинь – церковь Рождества Пресвятой Богородицы. Среди известных исследователям настоятелей Московского Преображенского монастыря – архимандриты Иоанн (1346 г.), хиротонисанный во епископа Ростовского, Михаил (Митяй; 1376–1379 гг.), избранный митрополитом Московским и всея Руси, но так и не добившийся кафедры, Сергий (Азаков; упоминается в 1389 г.), Трифон (впоследствии архиепископ Ростовский), Вассиан I (Рыло) («Полное собрание русских летописей», том 15).